D1–D4: learning around the atlas

The new learning workspace adds study tools without changing the anatomical meshes. It opens in English by default and retains Korean translation.

Study views use a controlled layout. Shift + scroll separation is suppressed only while learning is open; closing learning returns control to the normal atlas interface. English/Korean translation covers cards, lessons, cases, questions, scripts and diagram controls. D3/D4 lab values and exercise selections survive topic/language changes in page memory, but restart after refresh; no patient chart is stored.

The new illustrations are conceptual teaching graphics, not CT, micro-CT, MRI or oral scans. They are not registered to an individual tooth, included in the downloadable GLB, or calibrated for injection placement, cavity preparation, working length or joint measurements. Complete internal tooth layers and the previously listed missing structures remain absent from the atlas geometry. Illustrated disease does not modify the static atlas meshes, and no clinical imaging dataset was added.

The six staged cases, bilingual summaries, illustrations, scripts and questions were written for this explorer using the linked references as factual support. No source illustrations or examination question banks were imported. Source links inside each lesson identify further reading, not endorsement or clinical validation.

Study references: ADA tooth numbering · Confederation College anterior tooth morphology · posterior tooth morphology · Washington State University oral anatomy · Texas Tech HSC El Paso anatomy · AAE root canal anatomy · ADA restorative treatment guidance. D3/D4 references include ADA imaging guidance, AAP staging and grading, and AAE endodontic diagnosis. Additional topic references appear in the viewer.

Four distinct kinds of improvement

The initial GLB contained 668,156 triangles; the current model has 1,723,532, an increase of approximately 157.95%. Triangle count describes surface density, not biological accuracy. Sources and comparison values for each structure are recorded in structures.json.

Teeth: additional source-surface information for 20 structures

The replaced teeth increased from 32,192 to 155,352 triangles in total. Each tooth was registered using rotation, translation, and uniform scaling, without nonuniform deformation or ad hoc sculpting. Left-side teeth follow the existing atlas’s bilateral symmetry. Crown/root material regions were transferred from the existing surface; they do not represent separately measured internal tissue layers.

For the lower first molars, only the original outer crown and root surface (1,836 triangles) was registered and replaced (RMS 0.017 mm, 95th percentile 0.035 mm, sampled maximum 0.097 mm, bounding difference 0.014 mm); their original dentine surface and inner enamel shell stay unchanged inside it, so both molars keep the dentine distinction. The other eight original teeth were checked again: the upper and lower central incisors match except at incisal edges that Z-Anatomy reshaped (up to 0.44 and 0.59 mm), and the lower lateral incisors and canines were rescaled and reshaped (0.57 and 0.66 mm), so they keep their original surfaces. BodyParts3D 3.0 has no tongue or third molars; the only reachable BodyParts3D 4.0 tongue is coarser (502 triangles) and differs by RMS 2.1 mm, so the tongue is unchanged. The other 8 teeth retain their existing surfaces. This is not a model that fully separates every tooth into enamel, dentine, pulp, and periodontal ligament layers.

Registration checks

We compared 12,000 area-weighted surface samples in each direction. The following are the largest values measured for any direction across the 20 accepted teeth.

These values describe agreement with the existing atlas surface. Error against an actual patient and clinical accuracy were not measured. A sample-based check does not establish the maximum error across the entire continuous surface.

Sources: Kevin Mattheus Moerman’s BodyParts3D STL conversion · Original BodyParts3D 3.0_95 data · Original BodyParts3D publication

Original render settings for 17 structures

These structures are the gingiva, soft palate, oropharynx, both parotid and accessory parotid glands, both sensory and motor roots of the trigeminal nerves, both sphenomandibular and stylohyoid ligaments, and both temporomandibular joint capsules. The source’s render-subdivision settings smooth their surfaces. No new body scan was added.

The 8 teeth that were not replaced and the tongue still retain their original surfaces. The surface refinement below retains the prior geometry of the four trigeminal nerve roots.

Geometry refinement and lossless delivery

100 structures received geometry refinement: 80 native curves (26 nerves, 36 arteries, and 18 veins), plus 20 lymphatic structures including tonsils. The curves retain their source control points, handles, radii, branches, and world transforms. Two Catmull–Clark subdivision levels smooth the lymphatic surfaces. These changes refine existing anatomy; no new branches or measured microanatomy were added.

132 structure geometries remain unchanged from the previous version, including all 28 teeth and the four trigeminal nerve roots. The roots receive UV texture coordinates and tissue materials without geometry changes. In total, 104 structures receive the tissue-material and UV update.

The downloadable GLB is 21,876,824 bytes and uses EXT_meshopt_compression. A compatible viewer or importer is required. Compression uses no quantization or lossy filter; floating-point attribute values and triangle winding were verified unchanged after decoding. On the website, oral-atlas.html (about 2 MB) fetches the same gzip data as oral-anatomy.glb.gz, showing progress and letting the browser cache it; the model URL carries a hash of its content (?v=…). Once the model has loaded, the website registers a small service worker (sw.js) that keeps the page and the model: later visits open at once and work without a connection, pages are still fetched fresh when online, and the GLB and ZIP downloads are not cached. The viewer in the offline ZIP embeds that data and includes its decoder, so base viewing remains offline without a service worker. Compression reduces storage size; it does not increase anatomical accuracy.

Named nerve branches, sphenoid bone and nearby structures

Seven named branches per side are now separate, selectable structures. Z-Anatomy draws them as unnamed splines inside larger nerve curves, so each name is an interpretation of the spline’s course:

• Infraorbital nerve: the maxillary nerve from the first point within 1 mm of the maxilla, where it reaches the orbital surface (approximating the inferior orbital fissure), through the infraorbital groove and canal, with its four terminal splines at the infraorbital foramen.
• Incisive nerve: the spline running forward inside the mandible from the mental-foramen junction to the midline, with the four dental twigs leaving it toward the canine and incisors.
• Facial nerve branches: temporal, zygomatic, buccal, marginal mandibular and cervical groups, assigned by where each spline ends (above the zygomatic arch, lateral orbit, lips and nose, lower border of the mandible, neck). The trunk is divided where the cervical branch leaves it, and its distal part forms the marginal mandibular branch. The intracranial and intratemporal course and the posterior twigs stay with the facial nerve.

Every original triangle remains exactly once, in the parent nerve or one of its branches; only flat caps close the trunk division points. All other structures, including their vertex and index data, are unchanged.

Sphenoid bone. The original Z-Anatomy mesh (3,650 vertices, 7,308 triangles) is added with bone and suture roles, so the pterygoid muscles now have their attachment bone. The denser BodyParts3D 3.0 surface (FMA52736, 15,322 triangles) was registered with one rotation, uniform scale and translation, but it differed from the atlas surface by RMS 0.73 mm, 95th percentile 1.37 mm and maximum 7.6 mm. That exceeds the 0.2 mm gate used for the teeth, so it was not used.

Nearby structures. For each structure the explorer lists up to 16 neighbours within 8 mm, computed once from this model. About eight area-weighted samples per mm² (at most 60,000 per structure) give the closest sampled distance; the contact area is the mean, over both directions, of the sampled surface within 0.5 mm of the other surface. At least 20 mm² is shown as broad contact and at least 1 mm² as partial contact. In single view, the explorer finds, for the inspected structure only, the vertices within 0.5 mm of each listed contact (fading to none at 0.75 mm) and paints them in that neighbour’s legend color; this is computed in the browser from the same surfaces. These describe the atlas geometry, not clinical measurements.

Ten structures added from the source after a registration check

Frontalis, the orbital and palpebral parts of orbicularis oculi, platysma and the vagus nerve (X), on both sides, now come from the same Z-Anatomy Blender file as the rest of the atlas. A structure was added only if it passed every step of this check:

• Same frame: eight reference structures read from that file (the mandible, both maxillae, a zygomatic bone, both buccinators, depressor anguli oris and the sphenoid) coincide with the GLB within 0.006 mm after the fixed axis conversion, so the new meshes need no fitting.
• Closed surfaces: each muscle is a closed (watertight) surface.
• No buried tissue: at most 0.1% of each new muscle surface lies more than 0.5 mm inside a bone, no more than the existing facial muscles (up to 3.0%).
• Contacts: each muscle meets the structures it attaches to or overlies in this model (frontalis meets orbicularis oculi; the orbital part of orbicularis oculi meets the zygomatic bone and maxilla around the orbit; platysma meets the mandible and the depressors of the lip and mouth corner).

Frontalis and platysma extend beyond the region of this atlas; they are clipped at its box and capped, so the model bounds and centre, saved links and the schematic layer stay unchanged. The vagus nerve is built like the other atlas nerves (bevel depth × point radius, 20 radial and 18 per-segment samples); compared with the existing glossopharyngeal and hypoglossal nerves built the same way, radii agree within 0.4% and every source spline is covered. Its trunk is cut where it leaves the atlas region. The ten structures add 51,917 vertices and 91,094 triangles; every earlier primitive is byte-identical. Styloglossus and palatoglossus have no mesh in any source and are drawn as schematic paths; the levator and tensor veli palatini were later added from BodyParts3D 4.0 (below). Nearby lists were recomputed with tools/nearby.

Levator and tensor veli palatini from BodyParts3D 4.0

The two muscles of the soft palate that Z-Anatomy and BodyParts3D 3.0 lack were added on both sides from BodyParts3D 4.0 (Database Center for Life Science, CC BY 4.0), using the copy published by the human-atlas project, which simplified each structure with meshoptimizer within 0.2% relative error. A structure was added only if it passed every step of this check:

• Registration: BodyParts3D 4.0 is not in the atlas coordinate frame, so one similarity transform (scale 0.9831, 0.34° of rotation beyond the fixed axis conversion) was fitted jointly on nine neighbouring structures: the sphenoid, both maxillae, both temporal bones, both palatopharyngeus muscles and both superior pharyngeal constrictors. Each then lies within a median 0.24–0.49 mm of the atlas surface (RMS 0.37–1.23 mm). The palatine bones were left out of the fit because their BodyParts3D 4.0 shapes differ (RMS 2.2 mm).
• Closed surfaces: each muscle is a closed (watertight) surface.
• No buried tissue: 0–2.2% of each new muscle lies more than 0.5 mm inside a bone, within the range of the existing muscles around it (0–4.2%).
• Contacts: tensor veli palatini meets the sphenoid and the soft palate; levator veli palatini lies within 0.4 mm of the temporal bone and ends about 1.4 mm short of the atlas soft palate, so its muscle card lists the soft palate as not touching in this model.

The model bounds and centre, saved links and the schematic layer are unchanged, and every earlier primitive is byte-identical. The four structures add 5,766 vertices and 11,516 triangles. Nearby lists were recomputed with tools/nearby. Both muscles have cards in the muscle study, and the innervation map paints levator with the pharyngeal plexus and tensor with the V3 motor branches.

Schematic layer for structures the source does not model

Display tools → Schematic paths (off by default) adds 22 schematic items, eleven per side. The source atlas has no meshes for them, so tools/schematic/derive.mjs draws each one from structures it does contain, and the result is stored in src/schematic-data.json. These items are not part of the GLB, are not counted among the 265 structures and are not used for nearby lists or contact areas.

• Posterior superior alveolar nerve: from the maxillary nerve in the pterygopalatine fossa, along the posterior superior alveolar artery over the maxillary tuberosity, to the second and first molar root apices.
• Middle superior alveolar nerve (inconstant): from the infraorbital nerve in its groove, through the lateral sinus wall 1 mm inside the bone surface, to the premolar apices.
• Anterior superior alveolar nerve: from the infraorbital nerve 7 mm before the infraorbital foramen, which is located where the nerve's terminal branch splines leave it, through the anterior wall to the canine and incisor apices.
• Greater and lesser palatine nerves: from a point 3.5 mm below the maxillary nerve, standing in for the ganglion, along the descending palatine artery and then the greater palatine artery to the canine region; the lesser nerve turns back into the soft palate.
• Nasopalatine nerve: from the same point across to the septum, which is not modelled, then through the incisive canal to the palate behind the central incisors.
• Lingual and sublingual arteries: from the external carotid artery opposite the tip of the hyoid greater horn, above the hyoid, lateral to genioglossus and inside the tongue to its tip. The sublingual branch runs to the sublingual gland.
• Styloglossus: from the tip of the styloid process, taken as the upper end of the stylohyoid ligament, forward, down and medially to the side of the tongue above hyoglossus, then forward along the tongue's lateral border (1 mm inside its surface).
• Palatoglossus: from the oral surface of the soft palate down the palatoglossal arch, 5 mm in front of the palatine tonsil, into the side of the tongue. Both muscles have no mesh in Z-Anatomy or BodyParts3D; the innervation map draws styloglossus with the hypoglossal nerve and palatoglossus with the pharyngeal plexus.
• Maxillary sinus: the hollow of the maxillary body inside a 1.5 mm wall. The zygomatic and palatine bones close the openings of the maxilla surface. The sinus reaches down to the premolar–molar apices, and the infraorbital canal ridges its roof. It measures 4.0 mL per side, smaller than a typical adult sinus, because this atlas's maxillary body is small; it is not enlarged beyond the bone.

Paths are dashed. Where bone or other tissue hides them, they show faintly through it. Hovering names an item and marks it as schematic. Measuring has three modes: two-point distance, the angle at the second of three points, and the shortest distance between two structures—found by comparing sampled vertices of both surfaces, then measuring every vertex within 4 mm of that pair exactly against the other surface's triangles, both ways—with the stored contact area when they touch. Note pins store their structure, a point in the assembled model frame (mm) and up to 140 characters in the link (note=…, at most 12). Each release runs axe-core's WCAG 2.2 A/AA rules in several interface states and a keyboard pass in the browser check. The local anesthesia lesson shows the superior alveolar and palatine paths for the upper teeth. Run node tools/schematic/derive.mjs after changing the model; npm run check fails if the stored data no longer matches the GLB.

Maxillary artery: two named alveolar branches

Besides its trunk, the source maxillary artery contains eight unnamed spline tubes per side, all over the posterolateral maxilla above the molars and premolars. They were grouped by how their ends connect:

• Middle superior alveolar artery (3 splines): one spline leaves the infraorbital artery in the infraorbital groove (1.2 mm from it) and descends in the lateral wall of the maxillary sinus to end beside the first molar and second premolar. Two short twigs leave it. This branch is inconstant in people.
• Dental branches of the posterior superior alveolar artery (5 splines): one spline leaves the end of the maxillary artery trunk at the pterygomaxillary fissure and descends over the maxillary tuberosity to the first and second molar region. Four twigs leave it, two of them close to the end of the existing posterior superior alveolar artery.

Whole splines were moved; none was cut, every original triangle is kept exactly once and all other primitives are byte-identical. The maxillary artery keeps its 51 mm trunk. The source has no names for these splines, so the names interpret their course. The nearby lists were recomputed with tools/nearby.

Lateral temporomandibular ligaments: side names corrected

The atlas frame has +x toward the patient’s left, and every paired structure lies on the side its name gives, except the two lateral temporomandibular ligaments as received from the source. The mesh named left (.l) lay on the patient’s right, its bounds centre at x ≈ −53.2 mm, and the mesh named right (.r) on the left at +53.2 mm. Their neighbours confirm the swap: the mesh named left touched the mandible and the right temporal bone, joint capsule, deep part of the masseter and parotid gland, and lay 0.7 mm from the right articular disc; none of its 16 listed neighbours was on the left. The mesh named right did the same on the left. The articular discs of these joints are built the same way, one mesh placed twice, and there the left disc is the mirrored copy; for the ligaments the mirrored copy was the one named right.

Each ligament now carries the name of the side it lies on. The two named GLB nodes exchanged their placement (translation, mirroring and mesh reference), so names, Korean labels and descriptions stay with their side; the mesh data and every primitive are byte-identical and the GLB keeps its size. Their bounds were exchanged in structures.json and the nearby lists were recomputed with tools/nearby; beyond the side, the ligaments’ listed distances and contact areas change only by sampling (at most 0.1 mm and 3 mm²). npm run check now reads the GLB and fails if any .l structure lies at x ≤ 0 or any .r at x ≥ 0, or if the stored bounds or the English and Korean side labels disagree with the model.

Surface detail: illustrative tissue appearance

The default Realistic tissue display gives every structure an illustrative tissue color and procedurally generated surface texture, and soft contact shading (screen-space ambient occlusion) shows where surfaces meet. Atlas colors restores the familiar category colors: yellow nerves, red arteries, blue veins and green lymph nodes. Select a structure and use Surface close-up for a closer inspection. These are display choices, not newly measured microscopic anatomy. The downloadable GLB embeds 12 PNG texture maps: color, normal, and roughness maps for each of the four tissue groups (nerves, arteries, veins, and lymphatic tissues). Shading for bone, teeth, muscle, mucosa, glands and joints is computed in the viewer from 3D noise anchored to each mesh; it needs no UV map and is not stored in the GLB. Normal maps and bump shading change lighting at the surface; they do not add anatomical structures.

• Bone: an ivory cortical surface with broad mottling and scattered small pores. Foramina, sutures and canals come only from the original geometry.
• Teeth: enamel shifts from a warmer cervical third to a translucent blue-grey incisal or occlusal edge, with faint horizontal growth lines (perikymata) in close-up; roots use a yellower cementum tone. Fissures, pits and root grooves are shaded from the curvature of each tooth mesh, so occlusal detail is clearer on the higher-resolution teeth than on the original lower-resolution ones. Enamel, dentine and pulp thicknesses are not modeled.
• Muscles, tendons and ligaments: streaks suggest fascicles; tendons and ligaments are silvery and fibrous. Most muscles follow their mesh’s dominant direction. Orbicularis oris and the pharyngeal constrictors use a circular layout; temporalis, genioglossus and depressor anguli oris a fan; buccinator and mylohyoid a fixed textbook direction. These are simplified layouts, not measured fibre orientation.
• Tongue, gingiva and mucosa: the tongue dorsum shows a median groove, a fine filiform texture and scattered fungiform papillae in close-up while the ventral surface stays smooth; attached gingiva shows stippling; other mucosa is moist with faint vascular mottling. This is surface shading only; papillae and taste buds are not added as geometry.
• Salivary glands: irregular lobules separated by faint septa. Lobule size and arrangement are illustrative.
• Nerves: fine directional grain suggests the outer connective-tissue sheath. The exterior remains continuous; it is not rendered as bare, braided bundles of nerve fibers.
• Arteries and veins: restrained wall texture and highlights improve surface readability. They do not add capillaries, new branches, or separately measured wall layers.
• Lymph nodes: a subtle fibrous capsule texture suggests their outer covering. Internal lymphoid follicles are not represented as bumps on the capsule.

The existing Z-Anatomy atlas supplies the nerve and vessel routes, branches, and anatomical placement. Denser curve tessellation and capsule smoothing refine the existing representation; they do not supply a new scan or prove additional anatomical accuracy. No hilar indentation is invented for individual nodes because its orientation has not been measured. Surface grain, tissue colors, and optical properties are illustrative, and have not been calibrated against a particular patient. Texture detail cannot recover the missing microanatomy listed below.

Anatomical references for these illustrative choices: Aparicio & Monje: human nerve tissue · University of Leeds: vessel walls · Columbia University: lymph-node capsule and internal follicles. These sources describe general anatomy; they are not source scans or a clinical validation of the rendered textures.

Browse and inspect individual structures

1. Choose Browse structures. Anatomy shows the assembled model.
2. Structures appear on ten category boards without overlapping. Left/right pairs sit together and their relative physical sizes are preserved.
3. Use the category selector to focus on one group. Search in the Explore drawer and use All / Visible and Left / Right filters.
4. Select a structure or its name to rotate it in single view. Single view and the 3D views in D1–D4 learning turn freely in any direction, like a trackball, so you can roll a tooth over its crown or root; a view button (Front, Left, Right, Top, 3D) or leaving the view sets it upright again. Return restores the previous browsing position.
5. Expand Technical details in the inspector for dimensions, triangle counts, and source-detail information. Use Display tools for visibility, opacity, and clipping.
6. Choose Anatomy to return to the assembled positions.

The board uses frontal orthographic projection. Each complete structure is moved as a unit; its surface is not broken into pieces. Calculations checked cell and surface-bound overlaps, adjacency of left/right pairs, label clearance, and preservation of structure size. Clipping does not create internal tissue: while a section is on, the inside of each cut structure (its back faces seen through the cut) is drawn in a flat, slightly darker base colour so the section reads as filled. This needs no closed meshes (150 of the 265 structures are closed; the mandible and maxillae are not) and adds no geometry. Current view · oblique cuts square to the viewing direction at the moment it is chosen or Align is pressed; the plane then stays fixed in the model while the view turns, the slider moves it through the model along that direction, and a copied link stores the direction (section=view,50,keep,x,y,z). Selected tooth · long axis cuts the last selected tooth cheek to tongue along its long axis: the principal axis of the tooth surface (area-weighted), pointed from crown to apex, with the plane square to the mesiodistal direction given by the neighbouring teeth along the arch; the slider moves the cut from the mesial to the distal surface (section=tooth,50 with that tooth selected).

Labels (Display tools) name the structures that are most visible in the current view. Every shown mesh is drawn into a small offscreen image in a colour that encodes its structure; faded and hidden structures are left out and the section cut is respected. The largest visible regions are labelled, and each leader line ends at the pixel of its region farthest from any other structure. Platysma and frontalis are drawn at 22% of the muscle opacity in the assembled view by default, because these thin sheets otherwise cover the neck and forehead; hover and clicks reach the structures behind them, and superficial=1 in a link shows them fully. Search also accepts older Sino-Korean names, English synonyms and abbreviations, and Universal/FDI tooth numbers; the labels keep the standard Korean terms. The label quiz uses the same method on a plate: only the plate’s structures are numbered, a lower size threshold and a finer offscreen image keep thin nerve branches and ducts, the numbers read down the left column and then the right, and they stay fixed once placed while the view turns.

Separation works in two stages. Up to 60%, every structure moves straight out from the model centre, without turning, to 3.2 times its centre's distance from it at 60%, and the camera keeps its viewing angle; a little separation therefore opens the gaps while each structure keeps its place relative to its neighbours. From 60% to 99%, each structure moves on from its spread position to its slot in the category board (eased, so the movement starts and ends gently) while the view turns from its angle to the front. At 100% the category board above takes over, with its labels and pages. Copy presentation link (Display tools) saves the current view with present=1: the link opens with the 3D model filling the window and the panels hidden, for slides or a projector; Esc or Exit presentation returns to the normal layout.

Separate university references, opened online

The base oral model works offline. University reference models is an optional feature that opens other specimens in their providers’ public viewers. These references are neither included in the base GLB nor combined as if they came from the same person.

Histology notes

The inspector’s Histology section describes what the selected structure’s tissue looks like under the light microscope, in English and Korean, as a few short points: for the teeth enamel, dentine, pulp, cementum and periodontal ligament; the gingiva, tongue and taste buds, soft palate, pharynx, epiglottis, the parotid, submandibular and sublingual glands and their ducts, the palatine tonsil and lymph nodes, the temporomandibular disc and capsule; the regions of the brain (six-layered neocortex with the motor, somatosensory and visual cortex, insula, entorhinal cortex, hippocampus, amygdala, striatum, globus pallidus, thalamus, hypothalamus, pineal gland, choroid plexus, ependyma, white matter, cerebellum, midbrain, pons and medulla), the pituitary, thyroid and suprarenal glands, thymus, spleen and spinal cord; the organs — heart wall and valves, trachea, bronchi and lung, pleura, nasal mucosa and paranasal sinuses, oesophagus, stomach, small and large intestine, appendix, liver, gallbladder, bile and pancreatic ducts, pancreas, peritoneal folds, kidney, ureter, bladder and urethra, testis, epididymis, ductus deferens, seminal gland, prostate, erectile tissue, ovary, uterine tube, uterus, cervix and vagina, and the cornea, sclera, iris, lens, retina, vitreous body, eye chambers, tarsal plates, lacrimal gland and passages, tympanic membrane and auditory tube; and the general tissues — bone and the jaw bones, hyaline, elastic and fibrocartilage, intervertebral discs, joint capsules, bursae and tendon sheaths, tendons and ligaments, fasciae, skeletal and facial muscle, elastic and muscular arteries, veins and dural sinuses, peripheral nerves, ganglia and the optic and olfactory nerves. Notes are chosen by structure name and category (src/histology.js): every structure of the head and mouth page and of both body pages has one (109 notes). The female page’s peritoneal “ligaments” get the peritoneal-fold note, its round and ovarian ligaments a fibromuscular note and the round ligament of the liver and ligamentum venosum a note on fetal remnants. The notes are general textbook histology written for this atlas — not specimen images and not measured from the 3D models. Twelve labelled schematic drawings, drawn for this atlas as SVG in src/histology-diagrams.js and labelled in the page language, accompany the main notes: tooth and periodontium (also for the gingiva and jaw bones), the six layers of the neocortex (cortex, motor, somatosensory and visual cortex, insula), cerebellar cortex, alveolar wall and blood–air barrier, nephron and collecting duct, classic liver lobule, small-intestinal villi and crypts, osteon, skeletal muscle fibre and sarcomere, muscular artery and vein, peripheral nerve and the layers of the retina. They are simplified and not to scale. Thirty light micrographs from Wikimedia Commons illustrate 36 notes — tooth (ground section), compact bone, visual cortex, cerebellum, lung, trachea, liver, small and large intestine, oesophagus, stomach, pancreas, gallbladder, cardiac and skeletal muscle, peripheral nerve, artery and vein, kidney tubules, hyaline and elastic cartilage, lymph node (pig), thyroid (horse), parotid gland, tongue, testis, epididymis, prostate, ovary, endometrium and pineal gland. Each keeps its own licence (CC0, public domain, CC BY or CC BY-SA); the viewer shows the author, licence and source under the image, and the licence file lists every image. They were resized to at most 720 px and re-encoded as JPEG (public/histology/), are included in the offline package, and are fetched only when a note with an image is shown.

Male and female body pages

Two website pages show the body with the same viewer: the whole male body from the top of the skull to the toes (with the brain from BodyParts3D, without the inner ear), and the whole female body from the top of the skull to the feet, with the female arms shown by their bones. Each has its own GLB and metadata (pelvis-male.glb, pelvis-female.glb with pelvis-male-structures.json, pelvis-female-structures.json); the head and mouth model is unchanged. On the website each page fetches its model in four parts cut from that GLB without changing any vertex or triangle — bones and joints first, then organs, muscles and fasciae, and vessels and nerves — and draws the parts already read while the rest downloads; the view can be turned once every part is in, and Download GLB gives the complete file. Structure names and descriptions are written in English only for now.

Whole male body — Z-Anatomy

Read directly from the Z-Anatomy Startup.blend (Blender 3.5, CC BY-SA 4.0), the same file as the head atlas (SHA-256 9f08a17e…afcd), with the same fixed axis conversion. 2,486 structures of the whole body except the brain and inner ear (the brain comes from BodyParts3D, below), inside a region box (x ±340 mm, y 0–1,720 mm, z −140 to 145 mm), none of them cut: 1,549 original meshes and 937 Bézier curves. The head — the frontal, parietal, occipital, temporal, sphenoid and ethmoid bones, the maxillae, palatine, zygomatic, nasal, lacrimal and inferior concha bones, the vomer and the mandible, the ear ossicles, the ethmoidal cells and frontal and sphenoidal sinuses, the nasal cartilages and mucosa and the nasopharynx; 28 teeth; the jaw joints and the sphenomandibular and stylomandibular ligaments; the facial and scalp muscles, the masseter, temporalis and pterygoids, the genioglossus and hyoglossus, the six extraocular muscles and levator palpebrae with the common tendinous ring and trochlea, the tarsal plates and the temporal and masseteric fasciae; the pituitary; the eyes (sclera, cornea, anterior and posterior segments and anterior chamber, iris, lens, vitreous body and retina) with the suspensory ligament and the lacrimal gland, canaliculi, sac and nasolacrimal duct; the tympanic membrane and auditory tube; the tongue, gingiva, soft palate and uvula, the parotid, accessory parotid and sublingual glands and the parotid and submandibular ducts; the olfactory, optic, oculomotor, trochlear, trigeminal (with its roots and the ophthalmic, maxillary and mandibular branches to the teeth, tongue and chin), abducens, facial (with the chorda tympani) and vestibulocochlear nerves; the cerebral arteries of the arterial circle with their cortical and striate branches, the basilar artery with the cerebellar and pontine arteries, the ophthalmic, maxillary, temporal, occipital, labial and nasal arteries; the dural venous sinuses, cavernous sinus and basilar plexus, the ophthalmic veins and the veins of the face and scalp; the facial, parotid, auricular, mastoid and occipital nodes and the palatine tonsils; the neck — the hyoid, the cervical vertebrae C1–C7 with their discs and the nuchal ligament, the larynx (thyroid, cricoid, arytenoid and corniculate cartilages, the epiglottis, the thyrohyoid, cricothyroid and quadrangular membranes and the intrinsic laryngeal muscles), the pharyngeal constrictors, stylopharyngeus and palatopharyngeus with the oropharynx and laryngopharynx, the thyroid and submandibular glands, the platysma, sternocleidomastoid, suprahyoid, infrahyoid, scalene, prevertebral and suboccipital muscles, the upper trapezius, levator scapulae and the deep back muscles of the neck, the investing layer of the cervical fascia, the common, internal and external carotid, facial, vertebral and transverse cervical arteries, the internal and external jugular, facial, retromandibular and vertebral veins, the glossopharyngeal, vagus, accessory and hypoglossal nerves and the submental, submandibular, jugulodigastric, deep and superficial cervical and retropharyngeal nodes; the thorax — ribs and costal cartilages, sternum, thoracic vertebrae, the joints and ligaments of the ribs and spine, the intercostal muscles and diaphragm, the heart with its chambers, valves and papillary muscles, the lungs in lobes, the pleura, trachea and bronchi to the segmental bronchi, the great, coronary and pulmonary vessels, the thymus, oesophagus, vagus nerves and sympathetic trunks and the mediastinal lymph nodes; the pectoral girdle and both upper limbs — clavicle, scapula, humerus, radius, ulna, the eight carpal bones, metacarpals and phalanges, the shoulder, elbow, radio-ulnar, wrist and hand joints with their capsules, ligaments, bursae and tendon sheaths, the pectoral, shoulder, upper back, arm, forearm and hand muscles, the fasciae, septa and retinacula, the axillary, brachial, radial and ulnar vessels to the palmar arches and digital vessels, the cephalic, basilic and median cubital veins, the brachial plexus with its axillary, radial, musculocutaneous, median and ulnar nerves to the fingers, and the axillary and cubital nodes; the abdomen — stomach, duodenum, liver, gallbladder and bile duct, pancreas, spleen, suprarenal glands and ureters, the omenta and colon, the abdominal wall and back, the abdominal aorta, inferior vena cava, coeliac, mesenteric, renal and portal vessels and nodes; and the pelvis and both lower limbs: the pelvic organs, bones, joints, muscles, vessels, nerves and lymph nodes, the femur, patella, tibia, fibula, the bones of the feet, the knee, ankle and foot joints with their ligaments, menisci, bursae and tendon sheaths, the thigh, leg and foot muscles, the fasciae, septa and retinacula, and the femoral, popliteal, tibial, fibular and plantar vessels and nerves. Meshes keep their original vertices and triangles; closed surfaces are oriented outward. No mesh is clipped: the box holds the whole body. Vessels, nerves, ducts, bronchi and the small intestine are tubes built like the head atlas's (bevel depth × point radius, 20 radial and 18 per-segment samples), keeping only the samples needed for the tube path and radius to stay within 0.05 mm of the sampled curve (this removes most of the tube vertices without changing the paths); none is cut. Genital, urinary, digestive, heart, lung, lymph-node, bursa, meniscus and fat-pad meshes are low-polygon in the source; the viewer draws them with PN-triangle smoothing through their original vertices (display only). 3,220,243 vertices and 5,945,227 triangles; 54.4 MB as gzip.

The head is read with the rest of the body from the same file and frame, so the vessels and nerves of the neck now continue into the skull. Its structures form three more categories — Eye & ear (with the ear ossicles and the tarsal plates), Teeth and Head & face muscles — and a Head & face preset; the nose, sinuses and nasopharynx join Lungs & airways, the tongue, gums, palate and salivary glands Digestive organs, and the pituitary Endocrine glands. Z-Anatomy’s brain and inner ear are left out for their licences. The Z-Anatomy model notice lists the “Brainder” and “White matter” brain models among its sources with no licence and does not mark which of its brain objects came from them, so no brain object is used: not the cortex, white matter, basal ganglia, diencephalon, brainstem, cerebellum, ventricles, cranial-nerve nuclei, the falx and tentorium or the pineal gland (the oral page has none either); the brain shown comes from BodyParts3D (below). The cochlea and vestibule, and the one cochlear nerve mesh beside them, come from “Anatomy of the Inner Ear” (University of Dundee, CC BY-NC-SA 4.0) and are left out like the kidney. The cerebral arteries of the arterial circle, the dural venous sinuses and the cranial nerves, which are Z-Anatomy curves, are shown; the cranial nerve and foramina work of the University of Dundee that Z-Anatomy adapted is CC BY 4.0 and credited in the licence file. The epicranial aponeurosis, the frontalis, occipitalis and temporoparietalis and the temporal and masseteric fasciae start faded with the other sheets. In the head the source has no wisdom teeth, no separate intrinsic tongue or palatal muscles and no semicircular canals; the zonular fibres have two faces or fewer and are left out, and so are two unnamed septal arterial curves, the drawing helpers of the eyeball (equator, meridians, ciliary-body and zonular curves), a schematic central-canal curve and the path curve of the medulla. The middle cerebral artery segments, spelled “M3 segment” and “M3-segment” on the two sides in the source, are named M1, M2 and M3, and the two lateral temporomandibular ligaments, which carry each other’s side suffix in the source, are named by their position. The teeth and jaws are the source surfaces; the head and mouth page has registered higher-resolution teeth and keeps the dental learning modes. The source has no cervical plexus, ansa cervicalis, recurrent or superior laryngeal nerve and no superior thyroid or lingual artery as separate objects, and its thyroid gland is a low-polygon surface of the right lobe only. The parathyroid glands are flat nine-vertex placeholders (0.15–0.25 mm thick) and are left out. The source's “ascending part” of the trapezius is its upper part from the occiput and nuchal ligament; it is named by position as the descending part (the lower part, which the source calls descending, is the ascending part). The suprarenal glands and the thyroid form an Endocrine glands category. The platysma and the investing cervical fascia start faded with the other fasciae.

Brain — BodyParts3D 4.0

The brain is not taken from Z-Anatomy (see above) but from BodyParts3D 4.0 (isa_BP3D_4.0_obj_99, DBCLS, CC BY 4.0), whose elements are each one original surface: 74 structures — the superior, middle and inferior frontal, orbital, precentral, postcentral, supramarginal and angular gyri, the front and back of the superior temporal gyrus, the middle and inferior temporal, fusiform, parahippocampal and cingulate gyri, the insula and the occipital lobe, the cerebral white matter, corpus callosum, fornix and its commissure, hippocampus and amygdala, the caudate nucleus, putamen and globus pallidus, the thalamus with its stria medullaris, the hypothalamus and the pineal gland (with the Endocrine glands), the lateral, third and fourth ventricles, cerebral aqueduct and choroid plexus, the midbrain and cerebral peduncles, the pons, medulla oblongata and cerebellum (the midline structures in the two halves BodyParts3D has). Vertices and triangles are unchanged; closed surfaces are oriented outward. BodyParts3D is a different body in its own frame, so the brain was placed by one similarity transform (uniform scale 0.974, rotation 0.06°) fitted by ICP of the BodyParts3D frontal, parietal, occipital, temporal and sphenoid bones onto the page’s Z-Anatomy bones (median surface distance 0.09–0.22 mm, 0.13 mm overall); the same transform carries every brain surface, so the brain keeps its own shape and its fit to its own skull. Checks after placement: at most 5.3% of any brain surface lies within the skull bones, no deeper than 5 mm (gyral crowns against the inner table and the pons against the clivus, where the two bodies differ); the basilar artery lies on the pons (0–0.1 mm), the pituitary meets the hypothalamus and the middle cerebral artery runs over the insula. The tentorium cerebelli was left out: its straight-sinus edge lies 11.7 mm from the page’s Z-Anatomy straight sinus. Not shown: the cerebellar lobules and vermis, the brainstem and cranial-nerve nuclei and the falx cerebri; the sulci are the spaces between the gyri, not objects. The brain is a category and preset of its own (with the arteries, veins and nerves), loads with the organs and is drawn in its atlas colour. With the brain, the HRA spinal cord and the three schematic structures below the page has 2,593 structures: 1,654 meshes and 939 tubes, 3,478,170 vertices and 6,414,881 triangles; 58.8 MB as gzip.

In the upper limbs Z-Anatomy numbers the fingers (first finger of hand to fifth finger of hand); the record names keep them and the labels say thumb, index, middle, ring and little finger. The lateral and medial cords of the brachial plexus are not separate objects in the source: they are drawn as the beginnings of the musculocutaneous, median and ulnar nerves (only the posterior cord is its own curve). Left out: the radioscaphocapitate, triquetrocapitate and ulnotriquetral ligaments of the wrist (two flat faces each, like the conoid ligament and the sternoclavicular and acromioclavicular discs) and the intertubercular tendon sheath and the tendon sheaths of the flexor carpi radialis, flexor pollicis longus, extensor pollicis longus and extensor digiti minimi (no faces). The small wrist and hand ligaments are simplified low-polygon surfaces of 8–33 vertices and the shoulder and elbow bursae are simplified 178-vertex surfaces in the source; the bursae are shown with the same curved smoothing as the other bursae. The deltoid, brachial and antebrachial fasciae and the dorsal fascia of the hand start faded with the other fasciae.

In the thorax and abdomen the source labels the parts of the trapezius the other way round (its lower part from the thoracic spines is called descending); they are named by position, so the lower part is the ascending part and the upper part the descending part. The left iliocostalis cervicis has no side suffix in the source. The source draws the oesophageal plexus and the vagal trunks, which reach the stomach left of the midline, as part of the right vagus nerve; its left vagus ends at the aortic arch. The liver is shown as the source's whole-liver surface with its peritoneal ligaments; the source's eight Couinaud segments overlap that surface by 1–3 mm and would show doubled, so they are not shown. The kidneys, the renal pelves and the intrarenal arteries and veins are left out: the Z-Anatomy licence notice lists its kidney as adapted from Kidney by Lissie Cowley under CC BY-NC 4.0, whose non-commercial term cannot be offered under this page's CC BY-SA 4.0, so no part of it is used and the renal arteries and veins end at the hilum (the head atlas leaves out the same kidney for the same reason). Two openly licensed kidneys were tested in its place. The BodyParts3D 4.0 kidneys, after a similarity fit of BodyParts3D T11–L3 and the 11th and 12th ribs onto the page (vertebrae 1.0–1.8 mm), lie 15–20 mm from the left renal vessels and run up to 12 mm into the right psoas and the duodenum; moved to the vessels they enter the suprarenal glands. The HRA Visible Human Male kidneys (v1.3), after a fit of T11–L2, overlap the suprarenal glands (10–19 % of their surface) and the duodenum. Both lie 18–22 mm in front of the quadratus lumborum, so neither is shown. Not in the source: the pericardium and the phrenic nerves (drawn as schematic structures, below), the splanchnic nerves and the thoracic duct; the spinal cord exists only as a schematic 5 mm cross-section of its tracts and is not shown. The spinal cord shown instead is the HRA Visible Human Male cord (spinal-cord-male v1.1, CC BY 4.0, 30 segments C1–S5, original triangles): each HRA vertebra (VH_M_Vertebrae v1.2, same frame) was fitted to the page vertebra of the same name by a similarity ICP with its neighbours (mean surface distance 1.2–2.3 mm), every cord vertex moved with a blend of the two vertebrae bracketing its height, and the cord was then centred in the page's dural sac slice by slice (median shift 5.0 mm, at most 8.1 mm). It reaches from C1 to the conus medullaris at L1–L2, 1.6 mm from the top of the cauda equina, and stays clear of the vertebrae (0.9 mm); the Z-Anatomy dural sac is narrower than the cord at the cervical enlargement and the upper thoracic levels, where the cord passes it by up to 4.0 mm. Left out: the conoid ligament, the intertransverse ligaments of the thoracic spine and the articular discs of the sternoclavicular and acromioclavicular joints (no usable faces), The fasciae, the chest and abdominal walls (pectoralis major, intercostal muscles and membranes, transversus thoracis), the pleura and the greater omentum start faded with the earlier layers so the organs stay visible.

Schematic structures (not from a source model). Neither Z-Anatomy nor BodyParts3D has the pericardium or the phrenic nerves, so they are drawn for this atlas — the only structures on the page that come from no source model. The pericardium is a closed sac about 3 mm outside the heart chambers and the roots of the ascending aorta, pulmonary trunk, venae cavae and pulmonary veins, bridged across the clefts between them and pressed in around the lateral pericardial nodes (1 mm voxel offset, closing, Gaussian smoothing, marching cubes, quadric simplification to 25,920 triangles); it starts faded with the pleura. Each phrenic nerve is a 1.1 mm-radius tube along a smoothing spline through waypoints: on the front of the anterior scalene (lateral border above, medial border below), behind the subclavian vein and in front of the subclavian artery, lateral to the origin of the internal thoracic artery, beside the brachiocephalic vein and superior vena cava (right) or over the left side of the aortic arch (left), then on the lateral surface of the schematic pericardium, in front of the lung root, into the diaphragm beside the caval opening (right) or the cardiac apex (left). They are marked Schematic in the selection details and hover names and flagged "schematic": true in the metadata; their shape and course are illustrative, not measured.

Names follow the source with sides made regular (Left/Right testicular artery and vein become Testicular artery.l and so on). Four bowel surfaces are named by position and shape: the source's Sigmoid colon runs from the end of the sigmoid loop at about S3 to the pelvic floor and ends at the level of the external anal sphincter, so it is shown as the rectum (its shape and size also match the BodyParts3D rectum); Descending colon includes the sigmoid loop, Ascending colon includes the caecum (one blind end in the right iliac fossa), and the curve Jejunum runs from the upper left abdomen to the ileocaecal junction and is shown as the jejunum and ileum. Z-Anatomy calls the toes "fingers of foot"; the record names keep the source names and the labels say great toe, second to fourth toe and little toe. Left out from the source: the zona orbicularis (edges without faces), the intercornual ligaments (two flat faces each) and the triradiate cartilage (a growth cartilage, fused in the adult); the anterior and posterior talofibular, calcaneofibular, dorsal calcaneocuboid and plantar calcaneonavicular (spring) ligaments, which are flat four-vertex placeholders; and the posterior tibiotalar, lateral talocalcaneal and intercuneiform ligaments and the tendon sheath of the extensor hallucis longus, which have no or too few faces. Many other small knee, ankle and foot ligaments are simplified low-polygon surfaces in the source (some are boxes of 6 to 12 vertices). The fasciae (including the crural and popliteal fasciae), the flat abdominal muscles and the small intestine start faded (8% opacity) so the structures beneath stay visible; hover and clicks reach the structures behind them.

Not in the source: the anal canal, the perineal muscles (bulbospongiosus, ischiocavernosus, transverse perineal muscles, external urethral sphincter), the perineal membrane, the scrotum with the coverings of the spermatic cord, and the patellar ligament and quadriceps tendon (the source has them only as helper objects for its labels). Two other sources were checked and not used. BodyParts3D 4.0 adds nothing here: its rectum and puborectalis are the surfaces Z-Anatomy already has (as "sigmoid colon" and pubo-analis), and its "superficial perineal muscle" is a mirrored copy of the external anal sphincter. The VOXEL-MAN segmented internal organs of the Visible Human Male (CC BY 4.0) have a scrotum and an ischiocavernosus; after a similarity fit on the hip bones, sacrum and coccyx (mean surface distance 3–4 mm) the Visible Human testes lie 41–49 mm from the Z-Anatomy testes, and after a local fit on the ischiopubic rami and crura 41% of the ischiocavernosus lies inside the Z-Anatomy bone and erectile tissue, so neither passed the registration check.

Female pelvis — HRA 3D reference organs

From the official CCF 3D Reference Object Library of the HuBMAP Human Reference Atlas (CC BY 4.0; github.com/hubmapconsortium/ccf-3d-reference-object-library, commit f1a3a63): Visible Human Female v1.2 organ files (pelvis, vertebrae, uterus, vagina, ovaries, uterine tubes, ligaments of the uterus and ovaries, urinary bladder, ureters, large intestine, small intestine) and the v1.4 blood vasculature. All share one frame (+X patient left, +Z anterior; 0.795 m below the united-body frame in y), so no registration was needed. 109 named parts keep their original vertices, triangles and normals (except a few moved out of the muscles, below); with the thorax and upper abdomen below, the colon, jejunum, aorta, inferior vena cava and mesenteric vessels that were cut at the earlier top of the region are now whole. The hip bone is modelled as compact and trabecular bone of the ilium, ischium and pubis on each side; the trabecular parts lie inside and show in a section. The small intestine and the ascending and descending colon start faded (15% opacity) so the uterus and ovaries stay visible.

Names come from the HRA node identifiers, with sides taken from position. Three corrections: the two round ligaments are labelled the other way round in the source (its "right" lies on the patient's left) and are named by position; the part the source calls the abdominal ostium of the uterine tube lies at the uterine horns and is named as the uterine openings of the tubes; the vein the source labels "superior rectal artery" (node VH_F_superior_rectal_vein, vein material) is named as the vein. The source model has six lumbar vertebrae; the lowest is shown as L6, with L4 and L5 above it. The three sigmoid arteries and veins keep the source's letters a to c. Not in the HRA source: the external genitalia, urethra, anal canal, pelvic floor, perineal and abdominal-wall muscles, pelvic nerves, lymph nodes and the iliac and other parietal arteries; the HRA v1.4 vasculature has no vessels of the lower limbs. The muscles and the lower-limb bones come from the University of Denver models below.

Female thorax and upper abdomen — HRA 3D reference organs

From the same library and frame: the v1.2 heart, lung, liver, gallbladder, biliary tree, pancreas, spleen, kidney, thymus, vertebrae, spinal cord, large and small intestine files and the v1.4 vasculature (228 parts). The heart in chambers, septum, five papillary muscles and four valves; the lungs in their twenty bronchopulmonary segments with the hila, the trachea, carina, main, lobar and segmental bronchi and the tracheal and bronchial cartilages; the thymus; the liver by its capsule with the falciform, coronary, left triangular and round ligaments, the ligamentum venosum and the hepatoduodenal ligament; the gallbladder, hepatic, cystic and bile ducts, the hepatopancreatic ampulla and its sphincter, the main and accessory pancreatic ducts (the source's ventral and dorsal ducts); the pancreas (head, neck, body, tail, uncinate process); the five parts of the duodenum, the transverse colon and both colic flexures; the spleen in its five surfaces; the kidneys with fibrous capsule, cortex, renal columns, pyramids and hilum; C7, the twelve thoracic and the upper three of the six lumbar vertebrae of the specimen; the spinal cord in segments from C8 to S4; and the ascending aorta, aortic arch and its branches (each joined from two source pieces), thoracic aorta, venae cavae, pulmonary trunk, arteries and veins, coronary arteries and cardiac veins, and the coeliac, hepatic, portal, splenic, colic and renal vessels. The source's liver segments and surface areas coincide with the liver capsule, and its hilum subdivisions duplicate the hilum surfaces, so they are not shown; the laryngeal cartilages are shown with the neck (below). No part is cut. Not in the HRA source: the stomach and oesophagus, the ribs, sternum and shoulder girdle (they come from the BoneHub CT, below), the diaphragm, pericardium and pleura, the chest, abdominal-wall, back and shoulder muscles, the nerves other than the spinal cord and the lymph nodes.

Female hip, thigh, leg and foot — University of Denver models

The muscles, the lower-limb bones, the joint cartilage and the knee ligaments come from the final 3D models of the Visible Human Female by the Center for Orthopaedic Biomechanics, University of Denver (CC BY 4.0; doi:10.56902/COB.vh.2022.1; Andreassen et al., Sci Data 10, 34, 2023), segmented from the same body as the HRA organs and already checked by their authors for overlaps. 124 parts, 62 on each side: obturator internus and piriformis (pelvic muscles); iliacus, psoas major, the gluteal muscles, gemelli, quadratus femoris, obturator externus, pectineus, the adductors, gracilis, sartorius, rectus femoris, the vasti, tensor fasciae latae, semitendinosus, semimembranosus and both heads of biceps femoris (hip and thigh muscles); tibialis anterior, extensor digitorum and hallucis longus, fibularis longus, both heads of gastrocnemius, soleus, plantaris, popliteus, tibialis posterior and flexor digitorum and hallucis longus (leg muscles); the femur, patella, tibia, fibula, the seven tarsal bones and one surface for the metatarsals and phalanges (the DU file named Phalanges also contains the metatarsals); the cartilage of the femoral head, acetabulum, distal femur, patella, tibial condyles, distal tibia and talus; and the anterior and posterior cruciate and the tibial and fibular collateral ligaments. The DU leg muscles end at the ankle: their tendons in the foot, the calcaneal tendon and the plantaris tendon are not in the source, and the descriptions say so; the source has no fibularis brevis or tertius and no muscles or ligaments of the foot. The DU feet are plantarflexed, as in the specimen. They are placed in the HRA frame by one similarity transform fitted between the DU hip bones, sacrum and coccyx and the HRA compact hip-bone layers, sacrum and coccyx: scale 1.041, mean surface distance 1.6 mm (left and right hip bones), 1.9 mm (sacrum) and 3.1 mm (coccyx); the DU hip bones, sacrum and coccyx themselves are not shown; the DU leg and foot bones are, since the HRA has none. Because the two sources segment the bones separately, thin muscles and the acetabular cartilage overlapped the HRA bones in places; those vertices were moved to 0.1 mm outside the bone with a smooth falloff (at most 1.9 mm). A few HRA parts passed through the DU muscles — the right suspensory ligament of the ovary through the psoas, the internal pudendal and inferior rectal veins through the obturator internus (on whose surface they run in the pudendal canal), short stretches of the cardinal ligament, common iliac vein and bowel — and were moved out of the muscles the same way (at most 11 mm). The hip joints then fit without overlap (femoral head and acetabular cartilage). The DU leg muscles, cartilage and knee ligaments come from the same segmentation as the DU bones shown with them and do not enter those bones (checked by ray parity; only the femoral-head cartilage reaches up to 0.6 mm into the DU femur), so they were not moved. The correction was repeated after the thoracic and upper lumbar vertebrae were added: the upper psoas was moved off the new HRA lumbar vertebrae (at most 1.8 mm), and where the right kidney passed through the psoas it was moved out of the muscle (at most 3.4 mm). The region (x ±195 mm, y −910 to 625 mm, z −190 to 60 mm) now contains every part whole.

Female knee — HRA knee parts on the DU knees

The DU models have no menisci, patellar ligament or quadriceps tendon. They come from the HRA VH_F v1.2 knee files (VH_F_Knee_L/R, VH_F_Ligaments_Knee_L/R, VH_F_Muscles_Knee_L/R): the medial and lateral menisci (one mesh per knee in the source, split into its two pieces and named by position), the patellar ligament, the tendon of the quadriceps femoris and the anterolateral ligament of each knee — 10 parts. The HRA knees are posed about 6 cm further apart than the DU legs, so each knee was fitted separately by a similarity transform between the HRA distal femur, patella, proximal tibia and fibula and the DU bones of this page (left: scale 0.981, rotation 8.0°, mean surface distance 1.0–1.3 mm; right: scale 0.984, rotation 11.0°, 1.1–1.4 mm); the HRA knee bones and their ligaments, which the DU models already have, are not shown. The fitted parts were moved out of the DU bones and knee cartilage in the same way (at most 3.4 mm); where the menisci lie between the femoral and tibial cartilage, overlaps of at most 0.3 mm (mean 0.03 mm) remain. Not in either source for the female lower limbs: the vessels and nerves, the fasciae, the joint capsules and bursae, the ankle and foot ligaments, the fibularis brevis and tertius, the muscles of the foot and the leg tendons below the ankle.

Female neck, shoulders, arms and hands — HRA and BoneHub CT bones

The neck comes from the same HRA files and frame: C1 to C6 (VH_F_Vertebrae), the spinal cord segments C1 to C7 (VH_F_Spinal_Cord) and the thyroid, cricoid, arytenoid, corniculate and epiglottic cartilages of the larynx (VH_F_Lung), 20 parts with their original vertices, triangles and normals. In this specimen the larynx and trachea lie about 1 cm right of the midline; the paired cartilages keep the source sides, which match their position in the larynx. The region now reaches the skull base (x ±250 mm, y −910 to 725 mm, z −190 to 70 mm); no part is cut. The HRA has no female arm, and no open source has the muscles, vessels or nerves of a female upper limb, so the arms are shown by their bones. They come from BoneHub, Visible Human Full-Skeleton 3D Bone Models (S. H. Alavi and M. Asseln, University of Twente; CC BY 4.0; doi:10.57967/hf/10464), segmented from the University of Denver aligned CT of the same body: 71 bones — on each side the clavicle, scapula, humerus, radius, ulna, the eight carpal bones, the five metacarpals and the phalanges of each finger (one surface per finger in the source), the twelve ribs — and the sternum (one surface for its three parts). One similarity fit of the BoneHub C7 and thoracic vertebrae onto the HRA vertebrae of the page placed them (scale 0.997, mean surface distance 0.8 mm; 1.2–2.4 mm from L1 to the sacrum, which were not fitted). The CT surfaces are finely tessellated; each bone was simplified within 0.05 mm of its surface (meshoptimizer; 1,916,120 to 421,150 triangles), the kept vertices keeping their positions and the normals of the full surface. As the BoneHub documentation notes, the CT does not fully cover the elbows, so the distal humeri and the proximal radii and ulnae are incomplete (said in their descriptions), and the costal cartilages are not segmented, so the ribs end short of the sternum. Not in any source for the female neck: the hyoid, the thyroid and parathyroid glands, the pharynx and oesophagus, the neck muscles and vessels (only the roots of the aortic-arch branches) and the cervical nerves.

Female head, breasts and intervertebral discs — BoneHub skull and HRA reference organs v2

The newer HuBMAP reference organs (cdn.humanatlas.io/digital-objects/ref-organ, CC BY 4.0) share the frame of the files above — their larynx, trachea and spinal cord coincide with those on the page — so they are placed without any fit: the mouth (v1.0; upper and lower teeth as one surface each, gingiva, hard palate, mucosa of the soft palate, three surfaces of the tongue, fungiform and vallate papillae, buccal mucosa, floor of the mouth, the labial frenula and the parotid, submandibular and sublingual glands), both eyes (v1.3; 23 parts each, from the sclera, cornea, choroid and retina with the macula, fovea, optic disc and ora serrata to the iris, pupil, ciliary body, muscle and processes, zonular fibres, lens, aqueous humour, vitreous body, conjunctiva, trabecular meshwork and scleral venous sinus), the intervertebral discs from C2–C3 to L6–S1 with their nuclei pulposi (v1.0, named by the two vertebrae each joins), both mammary glands (v1.1; lobes, lactiferous ducts and sinuses, nipple, areola, areolar glands, suspensory ligaments and fat), the greater omentum, the epiploic appendages of the transverse colon and the renal pelves (v1.0), and the palatine tonsils (v1.2). They were simplified within 0.05 mm (meshoptimizer; 4,548,099 to 1,170,098 triangles for these and the brain). The skull is the BoneHub CT surface of the cranium with the maxillae (one surface) and the mandible, placed by a similarity fit of BoneHub C1–C3 onto the page's HRA C1–C3 (mean surface distance 0.6–0.8 mm); with that fit the HRA upper teeth sit on the maxillae (median 2.4 mm) and the eyes in the orbits. The mandible is slightly open in the CT, so it was closed onto the HRA lower teeth and gingiva by one rigid fit (5.7°; median distance of the lower teeth from the mandible 11.4 → 3.0 mm), which leaves the condyles 0.2–0.4 mm from the mandibular fossae. The brain is the Allen Human Reference Atlas brain of an adult female donor (brain-female v1.4) as the HRA places it in this body. Against the CT skull 9.5% of its cortex lay beyond the inner table (up to 5.7 mm, mostly the occipital lobes and cerebellum), so it was fitted into the cranial cavity by one similarity transform (scale 0.919, rotation 0.4°, translation 2.5 mm); afterwards 0.7% of the cortex samples lie beyond the inner table, mostly where the bone is thin or open. Every Allen region was checked against where its name puts it (its lobe, or inside its parent — the thalamus for the thalamic nuclei, the amygdala for its nuclei, the putamen for the pallidum): 268 of 276 passed; the frontal pole (lying in the back half of the hemisphere), the frontomarginal gyrus, the atrium of the lateral ventricle (at the front) and the posteroventral putamen (high near the midline) failed on both sides and are left out, and six regions of six to nine vertices (olfactory bulb, anterior olfactory nucleus, central canal) are not shown. The file labels the Allen hemispheres the other way round, so the regions are named by position; midline structures split in two (corpus callosum, anterior commissure, ventricles, aqueduct, vermis, pineal body, midline thalamic nuclei) are named as left and right halves. The HRA skin (v1.5) is posed with the arms raised and longer legs than the CT and DU bones and is not shown. The lower gingiva, which in this source takes in the mucosa down to the vestibule, the buccal mucosa, the fat of the breasts and the greater omentum start faded. With these the female page had 970 structures.

Female muscles, organs and vessels from the CT — TotalSegmentator

The Visible Human Female was scanned by CT before she was frozen and sectioned, and the National Library of Medicine publishes those images (normal CT, exam 370: 985 slices 1 mm apart from the top of the head to the upper thighs, pixels 0.49–0.94 mm). We resampled them to a 1 mm grid and segmented them with TotalSegmentator 2.18 (Wasserthal et al., 2023; code and the open-licence tasks used here under Apache-2.0) on the CPU: the tasks total, headneck_muscles, head_muscles, headneck_bones_vessels, oculomotor_muscles and abdominal_muscles. The abdominal-muscle model, which covers the trunk from about T4 to L4, ran in three blocks overlapping by 100 mm and joined in the middle of each overlap, so that no block edge decides a muscle.

Because the CT is of the same woman, its bones can be fitted to the bones already on the page. The segmented bones were fitted by similarity fits per region — head (cranium and C1–C2) 1.3 mm mean surface distance, neck (C3–T1) 0.7 mm, thorax (thoracic vertebrae, ribs, sternum) 1.0 mm, lumbar spine 1.4 mm, pelvis 2.5 mm, shoulders 1.2–1.3 mm, femora 1.2–1.3 mm — and every structure was carried by a blend of these fits weighted by its distance to each region. The lumbar vertebrae were fitted as one group, because the model numbers this woman's six lumbar vertebrae wrongly. As a check, organs the page already has, segmented from the CT and carried the same way, lie 3–6 mm from the page's surfaces (spleen 3.6 mm, aorta 3.9 mm, inferior vena cava 3.7–4.7 mm, kidneys 4–6 mm, liver 3.9–6.5 mm, heart 5–6 mm): the organs moved somewhat between the scan and the freezing.

The page's structures were voxelised at 1 mm. Where a carried structure entered one of them it was trimmed back (contact within 1 mm is allowed), and a structure was kept only if at most a quarter of its volume overlapped the page and no overlap was deeper than 8 mm, and for a pair only if both sides passed. 74 of 96 passed: the oesophagus, stomach and laryngopharynx; the maxillary and frontal sinuses; the thyroid and both suprarenal glands; the hyoid and the cartilages of the sixth to tenth ribs (the upper costal cartilages were not found in this CT); the right common carotid and subclavian arteries, the internal carotid arteries and the brachiocephalic and internal jugular veins; the optic nerves; the temporalis, lateral pterygoid, four recti and inferior oblique of each side; the sternocleidomastoid, platysma, three scalenes, sternothyroid and prevertebral muscles, and the middle and inferior pharyngeal constrictors; the trapezius, levator scapulae, pectoralis major, serratus anterior and latissimus dorsi; and the rectus abdominis, external and internal oblique, quadratus lumborum, erector spinae and transversospinalis. The sinuses are air spaces inside the CT skull, whose surface on this page encloses them, so for the air spaces the skull itself was not counted as overlap, and at least half of each had to lie inside it (frontal sinuses 100 %, maxillary sinuses 86–90 %). Left out: the masseter and medial pterygoid (overlapping the HRA parotid gland and cheek lining), the superior oblique and levator palpebrae (the eye and orbit), the thyrohyoid (the larynx), the external acoustic meatus (the parotid), the common and external iliac arteries (the HRA iliac veins and the DU psoas), the nasal cavities and nasopharynx (the HRA soft palate and tongue), the pericardium (tried as the outer 2 mm of the segmented sac, which lies within the HRA heart), the digastric and oropharynx (incomplete) and the superior pharyngeal constrictor (nothing left after trimming). The segmentation of the rectus abdominis ends at L5, that of the erector spinae and transversospinalis at T3 and that of the serratus anterior at T4; their descriptions say so.

Surfaces were extracted by marching cubes from the lightly smoothed masks, smoothed (Taubin, 30 iterations) and simplified within 0.2 mm (meshoptimizer; 3,234,414 to 169,028 triangles); the abdominal-muscle masks were first smoothed along the body axis so that their cross-sections change gradually across the joins of the blocks, and holes of up to 6 cm² in the latissimus dorsi and trapezius sheets were closed. They are grouped as jaw and eye, neck, shoulder-chest-back and trunk muscles and endocrine glands; the superficial neck, chest, back and abdominal-wall muscles start faded so that the organs stay visible. The female page now has 1,044 structures: 3,026,346 vertices and 6,012,662 triangles, 54.9 MB as gzip.

For both pages the nearby-structure lists use the same sampling as the head atlas, and npm run check verifies that each page's metadata, sides, categories, faded layers and GLB contents agree. These are general reference anatomies, not patient scans.

Remaining limits

Wisdom teeth, lip and cheek mucosa and frenula, intrinsic tongue muscles, styloglossus and palatoglossus, the superior alveolar and palatine nerves, the lingual artery, the pterygoid venous plexus, the maxillary sinus, minor salivary glands, all other peripheral nerves and microvessels, and complete internal tooth layers are not provided; neither Z-Anatomy nor BodyParts3D provides usable meshes for them. Some of them are drawn only as an optional schematic layer. This is not an identical reconstruction of a particular person’s mouth down to every organ and microscopic tissue.

D1–D4: 아틀라스 학습 기능

새 학습 공간은 해부 메시를 변경하지 않고 학습 도구를 추가합니다. 기본 언어는 영어이며 한국어 번역을 유지합니다.

학습 보기는 정해진 구조 배치를 사용합니다. 학습을 연 동안만 Shift + 스크롤 분리가 비활성화되고, 닫으면 기존 아틀라스 조작을 사용합니다. 카드·수업·사례·문제·설명문·도해 조작부를 영어·한국어로 제공합니다. D3·D4 실습 값과 연습 선택 상태는 주제·언어 변경 시 페이지 메모리에 유지되지만 새로고침하면 초기화됩니다. 환자 차트를 저장하지 않습니다.

새 도해는 교육용 개념 그림이며 CT·마이크로 CT·MRI·구강 스캔이 아닙니다. 개별 치아에 정합하거나 다운로드 GLB에 포함하지 않았으며, 주사 위치·와동 형성·작업장·턱관절 측정에 맞춰 보정하지 않았습니다. 완전한 치아 내부층과 기존에 명시한 누락 구조는 여전히 아틀라스 형상에 없습니다. 그림의 병적 변화는 정적 아틀라스 메시를 변경하지 않으며 임상 영상 데이터셋을 추가하지 않았습니다.

단계별 사례 6개, 두 언어의 설명·도해·설명문·문제는 연결된 참고 자료로 사실을 확인하며 이 탐색기를 위해 작성했습니다. 출처의 그림이나 시험 문제 은행을 가져오지 않았습니다. 각 주제의 출처 링크는 추가 학습 자료이며 기관의 승인이나 임상 검증을 뜻하지 않습니다.

학습 참고 자료: ADA 치아 번호 · Confederation College 전치 형태 · 구치 형태 · Washington State University 구강 해부학 · Texas Tech HSC El Paso 해부학 · AAE 근관 형태 · ADA 수복 치료 지침. 추가 주제별 출처는 탐색기에 표시합니다. D3·D4 참고 자료에는 ADA 영상 지침, AAP 병기·등급, AAE 근관치료 진단이 포함됩니다.

네 가지 개선을 구분했습니다

초기 GLB의 668,156개 삼각형이 현재 1,723,532개로 늘었습니다(약 157.95%). 삼각형 수는 표면의 밀도 지표이며 생체 정확도와 동일하지 않습니다. 구조별 출처와 비교값은 structures.json에 기록했습니다.

치아: 20개에 원본의 추가 표면 정보 적용

교체된 치아는 합계 32,192 → 155,352개 삼각형입니다. 각 치아를 회전·이동·균일 배율로 정합했으며, 비균일 변형이나 임의 조각으로 형태를 맞추지 않았습니다. 왼쪽 치아는 기존 아틀라스와 같은 양측 대칭 방식으로 구성했습니다. 치관·치근의 재질 구분은 기존 표면에서 옮겼으며, 별도로 측정한 내부 조직층을 의미하지 않습니다.

아래턱 첫째큰어금니는 원본의 바깥 치관·치근 표면(삼각형 1,836개)만 정합해 교체했습니다(RMS 0.017 mm, 95백분위 0.035 mm, 최대 표본점 0.097 mm, 경계 상자 차이 0.014 mm). 원본 상아질 표면과 안쪽 법랑질 껍질은 새 표면 안에 그대로 두어 상아질 구분이 유지됩니다. 나머지 원본 치아 8개도 다시 검사했습니다. 위·아래 가운데앞니는 Z-Anatomy가 다듬은 절단연을 빼면 일치하지만 그 부분 차이가 각각 최대 0.44 mm, 0.59 mm이고, 아래 가쪽앞니와 송곳니는 배율과 형태가 바뀌어(0.57 mm, 0.66 mm) 원본 표면을 유지합니다. BodyParts3D 3.0에는 혀와 사랑니가 없고, 받을 수 있는 BodyParts3D 4.0 혀는 더 거칠며(삼각형 502개) RMS 2.1 mm 차이가 있어 혀도 그대로 둡니다. 나머지 8개 치아는 기존 표면을 유지했습니다. 모든 치아를 법랑질·상아질·치수·치주인대의 완전한 내부 층으로 나눈 모델은 아닙니다.

정합 확인

양방향으로 각각 12,000개의 면적 가중 표면 표본점을 비교했습니다. 20개 채택 치아에서 측정된 각 방향의 값 중 가장 큰 수치는 다음과 같습니다.

이 수치는 기존 아틀라스 표면과의 일치도를 나타냅니다. 실제 환자와의 오차나 임상 정확도는 측정하지 않았으며, 표본점 검사로 연속 표면 전체의 최대 오차를 증명한 것은 아닙니다.

출처: Kevin Mattheus Moerman의 BodyParts3D STL 변환본 · BodyParts3D 3.0_95 원본 · BodyParts3D 원 논문

17개 구조의 원본 렌더 설정

잇몸, 물렁입천장, 입인두, 양쪽 귀밑샘·덧귀밑샘, 양쪽 삼차신경 감각뿌리·운동뿌리, 양쪽 나비아래턱인대·붓목뿔인대·턱관절 관절주머니가 해당합니다. 원본의 렌더용 세분화를 사용해 구조별 곡면을 매끄럽게 했습니다. 새 신체 스캔을 추가하지 않았습니다.

교체하지 않은 치아 8개와 혀는 원본 표면을 유지합니다. 아래 표면 개선에서도 삼차신경 뿌리 네 개는 이전 형상을 유지합니다.

형상 개선과 무손실 전달

100개 구조의 형상을 다듬었습니다. 원본 곡선 80개(신경 26개·동맥 36개·정맥 18개)와 편도를 포함한 림프조직 20개입니다. 곡선의 원본 제어점·핸들·반지름·분지·월드 변환을 유지합니다. 림프조직 표면은 Catmull–Clark 세분화 두 단계로 매끄럽게 했습니다. 기존 해부 구조를 다듬는 작업이며 새 분지나 실측한 미세 구조를 추가하지 않았습니다.

132개 구조의 형상은 이전 버전과 동일하며, 치아 28개와 삼차신경 뿌리 네 개가 여기에 포함됩니다. 이 신경 뿌리는 형상을 바꾸지 않고 UV 질감 좌표와 조직 재질을 적용했습니다. 조직 재질·UV 업데이트 대상은 총 104개 구조입니다.

다운로드 GLB는 21,876,824바이트이며 EXT_meshopt_compression을 사용하므로 호환 뷰어·가져오기 도구가 필요합니다. 양자화나 손실 필터를 사용하지 않았으며, 디코딩 후 부동소수점 속성값과 삼각형 정점 순서가 그대로 유지됨을 확인했습니다. 웹사이트의 oral-atlas.html(약 2 MB)은 같은 gzip 데이터를 oral-anatomy.glb.gz로 받아 진행률을 표시하고 브라우저 캐시에 보관합니다. 모델 주소에는 내용 해시(?v=…)가 붙습니다. 모델을 불러온 뒤 웹사이트는 작은 서비스 워커(sw.js)를 등록해 페이지와 모델을 보관하므로, 다음 방문부터 바로 열리고 인터넷 없이도 작동합니다. 인터넷에 연결되어 있으면 페이지는 새로 받고, GLB·ZIP 다운로드는 보관하지 않습니다. 오프라인 ZIP의 탐색기는 이 데이터와 디코더를 내장하므로 서비스 워커 없이 기본 모델을 오프라인으로 볼 수 있습니다. 압축은 저장 크기를 줄이며 해부학적 정확도를 높이지 않습니다.

이름 붙은 신경 가지, 나비뼈와 주변 구조

좌우 각 7개의 이름 붙은 신경 가지를 별도로 선택할 수 있습니다. Z-Anatomy는 이 가지들을 큰 신경 곡선 안의 이름 없는 스플라인으로 그리므로, 각 이름은 스플라인의 주행 경로에 따른 해석입니다.

• 눈확아래신경: 위턱신경이 위턱뼈와 처음 1 mm 이내로 닿는 지점(눈확면에 이르는 곳으로, 아래눈확틈의 근사)부터 눈확아래고랑·관을 지나 눈확아래구멍의 끝가지 스플라인 4개까지입니다.
• 앞니신경: 턱끝구멍 분기점에서 아래턱뼈 안을 따라 정중선까지 앞으로 가는 스플라인과, 여기서 송곳니·앞니로 가는 치아 가지 4개입니다.
• 얼굴신경 가지: 관자·광대·볼·아래턱모서리·목가지를 각 스플라인의 끝 위치(광대활 위, 눈확 바깥, 입술과 코, 아래턱뼈 아래모서리, 목)로 구분했습니다. 줄기는 목가지가 갈라지는 지점에서 나누었으며 그 먼쪽 부분이 아래턱모서리가지입니다. 머리안·관자뼈 안 주행과 뒤쪽 잔가지는 얼굴신경에 남겼습니다.

원래 삼각형은 모두 상위 신경이나 그 가지 중 한 곳에 정확히 한 번씩 남아 있으며, 줄기를 나눈 자리만 평평한 마개로 닫았습니다. 그 밖의 모든 구조는 정점·인덱스 자료까지 변하지 않았습니다.

나비뼈. 원본 Z-Anatomy 메시(정점 3,650개, 삼각형 7,308개)를 뼈·봉합 재질 역할과 함께 추가하여 날개근이 붙는 뼈가 생겼습니다. 더 촘촘한 BodyParts3D 3.0 표면(FMA52736, 삼각형 15,322개)을 회전·균일 배율·이동으로 정합했지만 아틀라스 표면과 RMS 0.73 mm, 95백분위 1.37 mm, 최대 7.6 mm의 차이가 있었습니다. 치아에 적용한 0.2 mm 기준을 넘으므로 사용하지 않았습니다.

주변 구조. 각 구조마다 8 mm 이내의 이웃을 최대 16개까지 표시하며, 이 모델에서 한 번 계산했습니다. mm²당 약 8개(구조당 최대 60,000개)의 면적 가중 표본점으로 최단 거리를 구하고, 상대 표면에서 0.5 mm 이내인 표본 면적을 양방향으로 평균해 접촉 면적으로 삼았습니다. 20 mm² 이상은 넓게 접함, 1 mm² 이상은 일부 접함으로 표시합니다. 단독 보기에서는 선택한 구조에 대해서만 목록의 각 접촉 이웃과 0.5 mm 이내인 정점을 브라우저에서 같은 표면으로 찾아(0.75 mm에서 0으로 흐려짐) 그 이웃의 범례 색으로 칠합니다. 아틀라스 형상을 설명하는 값이며 임상 측정값이 아닙니다.

정합 검사를 통과해 원본에서 추가한 구조 10개

좌우 이마근, 눈둘레근 눈확부분·눈꺼풀부분, 넓은목근, 미주신경(제10뇌신경)을 아틀라스의 나머지 구조와 같은 Z-Anatomy Blender 파일에서 가져왔습니다. 다음 검사를 모두 통과한 구조만 추가했습니다.

• 같은 좌표계: 같은 파일에서 읽은 기준 구조 8개(아래턱뼈, 양쪽 위턱뼈, 광대뼈, 양쪽 볼근, 입꼬리내림근, 나비뼈)가 고정된 축 변환 후 GLB와 0.006 mm 이내로 일치하므로, 새 메시를 따로 맞추지 않았습니다.
• 닫힌 표면: 각 근육은 빈틈없이 닫힌 표면입니다.
• 뼈 속 파묻힘 없음: 새 근육 표면 중 뼈 안쪽 0.5 mm보다 깊이 들어간 부분은 최대 0.1%로, 기존 얼굴근육(최대 3.0%)을 넘지 않습니다.
• 접촉: 각 근육이 이 모델에서 붙거나 덮는 구조와 맞닿습니다(이마근은 눈둘레근과, 눈둘레근 눈확부분은 눈확 둘레의 광대뼈·위턱뼈와, 넓은목근은 아래턱뼈와 입꼬리·아랫입술 내림근과 맞닿습니다).

이마근과 넓은목근은 이 아틀라스 범위 밖까지 이어지므로 범위 상자에서 자르고 마개로 닫았습니다. 따라서 모델 경계·중심, 저장된 링크, 모식도 레이어는 바뀌지 않습니다. 미주신경은 다른 아틀라스 신경과 같은 방식(베벨 깊이 × 점 반지름, 둘레 20개·구간당 18개 표본)으로 만들었고, 같은 방식으로 만든 기존 혀인두신경·혀밑신경과 비교해 반지름이 0.4% 이내로 일치하며 모든 원본 스플라인을 덮습니다. 줄기는 아틀라스 범위를 벗어나는 곳에서 잘랐습니다. 구조 10개로 정점 51,917개와 삼각형 91,094개가 늘었으며, 기존 primitive는 모두 바이트 단위로 같습니다. 붓혀근과 입천장혀근은 어느 원본에도 메시가 없어 모식도 경로로 그립니다. 입천장올림근·입천장긴장근은 이후 BodyParts3D 4.0에서 추가했습니다(아래). 주변 구조 목록은 tools/nearby로 다시 계산했습니다.

BodyParts3D 4.0에서 추가한 입천장올림근·입천장긴장근

Z-Anatomy와 BodyParts3D 3.0에 없던 물렁입천장 근육 2개를 좌우 모두 BodyParts3D 4.0(Database Center for Life Science, CC BY 4.0)에서 추가했습니다. human-atlas 프로젝트가 구조마다 meshoptimizer로 상대 오차 0.2% 이내에서 단순화해 공개한 사본을 사용했습니다. 다음 검사를 모두 통과한 구조만 추가했습니다.

• 정합: BodyParts3D 4.0은 아틀라스 좌표계와 다르므로, 주변 구조 9개(나비뼈, 양쪽 위턱뼈, 양쪽 관자뼈, 양쪽 입천장인두근, 양쪽 위인두수축근)에 하나의 닮음 변환(배율 0.9831, 고정된 축 변환 외 회전 0.34°)을 함께 맞췄습니다. 그 결과 각 구조는 아틀라스 표면과 중앙값 0.24–0.49 mm(RMS 0.37–1.23 mm) 이내에 놓입니다. 입천장뼈는 BodyParts3D 4.0의 형태가 달라(RMS 2.2 mm) 맞춤에서 뺐습니다.
• 닫힌 표면: 각 근육은 빈틈없이 닫힌 표면입니다.
• 뼈 속 파묻힘 없음: 새 근육 중 뼈 안쪽 0.5 mm보다 깊은 부분은 0–2.2%로, 주변 기존 근육의 범위(0–4.2%) 안입니다.
• 접촉: 입천장긴장근은 나비뼈 및 물렁입천장과 맞닿습니다. 입천장올림근은 관자뼈와 0.4 mm 이내에 있고 아틀라스 물렁입천장에서 약 1.4 mm 떨어져 끝나므로, 근육 카드에서는 물렁입천장을 "이 모델에서 닿지 않음"으로 표시합니다.

모델 경계·중심, 저장된 링크, 모식도 레이어는 바뀌지 않으며 기존 primitive는 모두 바이트 단위로 같습니다. 구조 4개로 정점 5,766개와 삼각형 11,516개가 늘었습니다. 주변 구조 목록은 tools/nearby로 다시 계산했습니다. 두 근육 모두 근육 학습 카드가 있고, 신경 지배 지도에서 입천장올림근은 인두신경얼기와, 입천장긴장근은 V3 운동 가지와 함께 칠합니다.

원본에 없는 구조의 모식도 레이어

표시 도구 → 모식도 경로를 켜면 모식도 항목 22개(좌우 각 11개)가 추가됩니다. 기본값은 꺼짐입니다. 원본 아틀라스에는 이 구조들의 메시가 없으므로, tools/schematic/derive.mjs가 모델에 있는 구조를 기준으로 각 항목을 그리고 결과를 src/schematic-data.json에 저장합니다. 이 항목들은 GLB에 포함되지 않고, 265개 구조 수에 들어가지 않으며, 주변 구조 목록과 접촉면 계산에도 쓰이지 않습니다.

• 뒤위이틀신경: 날개입천장오목의 위턱신경에서 출발해 뒤위이틀동맥을 따라 위턱뼈결절을 지나 둘째·첫째큰어금니 치근 끝까지 갑니다.
• 중간위이틀신경(없는 경우도 많음): 눈확아래고랑의 눈확아래신경에서 출발해, 뼈 표면에서 1 mm 안쪽의 위턱굴 가쪽 벽을 지나 작은어금니 치근 끝까지 갑니다.
• 앞위이틀신경: 눈확아래구멍 7 mm 앞에서 눈확아래신경을 떠나 앞벽을 지나 송곳니·앞니 치근 끝까지 갑니다. 눈확아래구멍의 위치는 끝가지 스플라인이 갈라지는 곳으로 정했습니다.
• 큰·작은입천장신경: 신경절 대신 위턱신경 3.5 mm 아래의 점에서 출발해 내림입천장동맥, 이어서 큰입천장동맥을 따라 송곳니 부위까지 갑니다. 작은입천장신경은 물렁입천장으로 뒤돌아 갑니다.
• 코입천장신경: 같은 점에서 코중격(모델에 없음)으로 건너간 뒤, 앞니관을 지나 가운데앞니 뒤쪽 입천장에 이릅니다.
• 혀동맥·혀밑동맥: 목뿔뼈 큰뿔 끝 높이의 바깥목동맥에서 출발해 목뿔뼈 위, 턱끝혀근 가쪽을 지나 혀 안에서 혀끝까지 갑니다. 혀밑동맥은 혀밑샘으로 갑니다.
• 붓혀근: 붓목뿔인대 위끝을 붓돌기 끝으로 보고, 여기서 앞·아래·안쪽으로 내려와 목뿔혀근 위에서 혀 옆면에 이른 뒤 혀의 가쪽 가장자리를 따라 앞으로 갑니다(표면에서 1 mm 안쪽).
• 입천장혀근: 물렁입천장의 입안쪽 면에서 입천장혀활을 따라 입천장편도 5 mm 앞을 내려와 혀 옆면으로 들어갑니다. 두 근육은 Z-Anatomy와 BodyParts3D 어디에도 메시가 없으며, 신경 지배 지도는 붓혀근을 혀밑신경과, 입천장혀근을 인두신경얼기와 함께 보여 줍니다.
• 위턱굴: 위턱뼈 몸통의 빈 공간에서 1.5 mm 벽 안쪽입니다. 위턱뼈 표면이 열린 곳은 광대뼈와 입천장뼈로 막았습니다. 아래로는 작은어금니·큰어금니 치근 끝까지 내려오고, 천장에는 눈확아래관이 융기를 만듭니다. 부피는 한쪽 4.0 mL입니다. 이 아틀라스의 위턱뼈 몸통이 작아 일반 성인보다 작지만, 뼈 밖으로 키우지 않았습니다.

경로는 점선으로 그리고, 뼈나 다른 조직에 가려진 부분은 조직 너머로 흐리게 보입니다. 마우스를 올리면 이름과 함께 모식도임을 표시합니다. 측정에는 두 점 거리, 세 점 중 두 번째 점의 각도, 두 구조 사이 최단거리의 세 방식이 있습니다. 최단거리는 두 표면의 표본 정점을 비교한 뒤, 그 쌍에서 4 mm 안의 정점을 상대 표면의 삼각형과 양쪽으로 정확히 재어 구하며, 맞닿으면 저장된 접촉 면적을 함께 보여 줍니다. 메모 핀은 구조, 조립된 모델 좌표의 점(mm), 140자까지의 메모를 링크에 저장합니다(note=…, 최대 12개). 매 배포 전 브라우저 검사에서 여러 화면 상태에 axe-core의 WCAG 2.2 A/AA 규칙과 키보드 이동을 확인합니다. 국소마취 수업의 위턱 치아 단계에서는 위이틀신경과 입천장신경 경로를 보여 줍니다. 모델을 바꾸면 node tools/schematic/derive.mjs를 다시 실행하세요. 저장된 데이터가 GLB와 맞지 않으면 npm run check가 실패합니다.

위턱동맥: 이름 붙은 이틀 가지 두 개

원본 위턱동맥에는 줄기 외에 이름 없는 스플라인 관이 좌우 각 8개 있으며, 모두 큰어금니·작은어금니 위쪽 위턱뼈 뒤가쪽에 있습니다. 끝이 어디에 이어지는지에 따라 다음과 같이 묶었습니다.

• 중간위이틀동맥(스플라인 3개): 한 스플라인이 눈확아래고랑에서 눈확아래동맥을 떠나(1.2 mm 거리) 위턱굴 가쪽 벽을 따라 내려가 첫째큰어금니·둘째작은어금니 옆에서 끝납니다. 짧은 잔가지 2개가 여기서 갈라집니다. 사람에 따라 없기도 한 가지입니다.
• 뒤위이틀동맥 치아가지(스플라인 5개): 한 스플라인이 날개위턱틈의 위턱동맥 줄기 끝에서 나와 위턱뼈결절을 따라 첫째·둘째큰어금니 부위로 내려갑니다. 잔가지 4개가 갈라지며, 그중 2개는 기존 뒤위이틀동맥의 끝 가까이에 있습니다.

스플라인 단위로 통째로 옮겼으므로 자른 곳이 없습니다. 원래 삼각형은 모두 정확히 한 번씩 유지되고, 나머지 primitive는 바이트 단위로 같습니다. 위턱동맥에는 51 mm 줄기가 남습니다. 원본에 이 스플라인의 이름이 없으므로 이름은 주행 경로에 따른 해석입니다. 주변 구조 목록은 tools/nearby로 다시 계산했습니다.

가쪽턱관절인대: 좌우 이름 바로잡음

아틀라스 좌표계에서 +x는 인체 왼쪽이며, 짝을 이루는 구조는 모두 이름에 적힌 쪽에 놓여 있습니다. 예외는 원본에서 받은 좌우 가쪽턱관절인대 두 개였습니다. 왼쪽(.l)으로 이름 붙은 메시는 인체 오른쪽(경계 중심 x ≈ −53.2 mm)에, 오른쪽(.r)으로 이름 붙은 메시는 왼쪽(+53.2 mm)에 있었습니다. 주변 구조가 이를 뒷받침합니다. 왼쪽으로 이름 붙은 메시는 아래턱뼈와 오른쪽 관자뼈·턱관절 관절주머니·깨물근 깊은부분·귀밑샘에 맞닿고 오른쪽 턱관절 관절원반에서 0.7 mm 떨어져 있었으며, 목록에 있는 주변 구조 16개 중 왼쪽 구조는 하나도 없었습니다. 오른쪽으로 이름 붙은 메시는 왼쪽에서 마찬가지였습니다. 같은 관절의 관절원반도 메시 하나를 두 번 배치하는 같은 방식으로 만들어졌는데, 거울상으로 놓인 것은 왼쪽 원반입니다. 인대에서는 오른쪽으로 이름 붙은 쪽이 거울상이었습니다.

이제 각 인대는 실제로 놓인 쪽의 이름을 갖습니다. GLB에서 이름 붙은 두 노드의 배치(이동, 거울상 변환, 메시 참조)를 서로 맞바꾸었으므로 이름·한국어 이름·설명은 제 쪽에 그대로 남고, 메시 데이터와 모든 primitive는 바이트 단위로 같으며 GLB 크기도 같습니다. structures.json에서는 두 구조의 경계를 맞바꾸고 주변 구조 목록을 tools/nearby로 다시 계산했습니다. 좌우가 바뀐 것 외에 인대의 거리와 접촉 면적은 표본 추출 차이만큼만 달라졌습니다(최대 0.1 mm, 3 mm²). 이제 npm run check가 GLB를 읽어, .l 구조가 x ≤ 0에 있거나 .r 구조가 x ≥ 0에 있으면, 또는 저장된 경계나 영어·한국어 좌우 이름이 모델과 맞지 않으면 실패합니다.

표면 디테일: 관찰을 위한 조직 표현

기본 표시인 실제 조직 질감은 모든 구조에 예시 조직색과 절차적으로 생성한 표면 질감을 적용하고, 표면이 맞닿는 곳에 부드러운 접촉 음영(화면 공간 앰비언트 오클루전)을 표시합니다. 아틀라스 색상은 이전의 분류별 색상인 노란 신경·빨간 동맥·파란 정맥·초록 림프절을 표시합니다. 구조를 선택하고 표면 확대로 더 가까이 관찰할 수 있습니다. 이는 화면 표현의 선택이며, 새로 측정한 미세 해부 구조가 아닙니다. 다운로드 GLB에는 신경·동맥·정맥·림프조직의 네 유형별 색상·노멀·거칠기 맵, 총 12개 PNG 질감이 포함됩니다. 뼈·치아·근육·점막·침샘·관절의 질감은 각 메시에 고정한 3D 노이즈로 탐색기에서 계산하므로 UV 맵이 필요 없고 GLB에 저장되지 않습니다. 노멀 맵과 범프 음영은 표면의 조명 반응을 바꾸며 해부 구조를 추가하지 않습니다.

• 뼈: 은은한 얼룩과 작은 구멍이 흩어진 상아색 피질골 표면입니다. 구멍·봉합·관은 원본 형상에 있는 것만 표시합니다.
• 치아: 법랑질은 치경부 1/3의 따뜻한 색에서 절단연·교합면의 반투명한 청회색으로 바뀌며, 확대하면 가는 가로 성장선(주파조)이 보입니다. 치근은 더 노란 백악질 색입니다. 열구·소와·치근 홈은 각 치아 메시의 곡률로 음영을 주므로, 해상도가 높은 치아에서 교합면이 더 잘 보이고 원본 저해상도 치아에서는 덜 드러납니다. 법랑질·상아질·치수의 두께는 모델링하지 않았습니다.
• 근육·힘줄·인대: 근다발을 암시하는 결을 표시하고, 힘줄과 인대는 은백색 섬유 질감입니다. 대부분의 근육은 메시의 주된 방향을 따릅니다. 입둘레근과 인두수축근은 고리 모양, 관자근·턱끝혀근·입꼬리내림근은 부채꼴, 볼근과 턱목뿔근은 교과서적 고정 방향을 사용합니다. 단순화한 배열이며 측정한 근섬유 방향이 아닙니다.
• 혀·잇몸·점막: 혀등에는 정중고랑, 확대 시 보이는 실유두의 미세 질감과 흩어진 버섯유두를 표시하고 혀 아랫면은 매끄럽게 둡니다. 부착 잇몸에는 점묘(stippling)를, 그 밖의 점막에는 촉촉한 표면과 은은한 혈관 얼룩을 표시합니다. 표면 음영일 뿐이며 유두나 미뢰를 형상으로 추가하지 않습니다.
• 침샘: 옅은 중격으로 나뉜 불규칙한 소엽을 표시합니다. 소엽의 크기와 배열은 예시입니다.
• 신경: 미세한 방향성 결로 바깥 결합조직 피막을 표현합니다. 표면은 연속된 피막이며, 신경섬유를 노출된 꼬임 다발로 표현하지 않습니다.
• 동맥·정맥: 은은한 혈관벽 질감과 반사광으로 표면을 구별하기 쉽게 합니다. 모세혈관·새 분지나 별도로 측정한 혈관벽 층을 추가하지 않습니다.
• 림프절: 섬세한 섬유성 피막 질감으로 바깥 덮개를 표현합니다. 내부 림프소절을 피막 위의 돌기로 표현하지 않습니다.

신경·혈관의 경로, 분지와 해부 위치는 기존 Z-Anatomy 아틀라스를 따릅니다. 곡선의 메시를 촘촘하게 하고 피막을 매끄럽게 하는 작업은 기존 표현을 다듬으며, 새 스캔이나 추가 해부학적 정확도의 근거가 되지 않습니다. 각 림프절의 문 방향을 측정하지 않았으므로 임의의 오목한 문을 만들지 않습니다. 표면 결·조직색·광학 특성은 표현용이며 특정 환자와 대조하여 보정하지 않았습니다. 표면 질감으로 아래에 명시한 미세 해부 구조의 누락을 복원할 수는 없습니다.

표현 방향의 해부학 참고 자료: Aparicio & Monje: 사람 신경 조직 · University of Leeds: 혈관벽 · Columbia University: 림프절 피막과 내부 소절. 일반 해부학을 설명하는 자료이며, 표시 질감의 원본 스캔이나 임상 검증 자료는 아닙니다.

배열과 개별 관찰

1. 구조 탐색을 선택합니다. 해부 위치는 조립된 모델을 보여 줍니다.
2. 10개 유형의 보드에 구조가 서로 겹치지 않게 배치됩니다. 좌우 쌍은 나란히 놓이고 실제 상대 크기가 유지됩니다.
3. 유형 선택기로 한 유형을 확대합니다. 탐색 패널에서 검색하고 전체 / 표시 중, 왼쪽 / 오른쪽 필터를 사용합니다.
4. 구조 또는 이름을 누르면 단독으로 돌려 볼 수 있습니다. 단독 보기와 D1–D4 학습의 3D 보기는 트랙볼처럼 어느 방향으로든 자유롭게 돌아가므로 치아를 치관이나 치근 쪽으로 넘겨 뒤집어 볼 수 있습니다. 보기 버튼(정면·좌측·우측·위·입체)을 누르거나 그 보기를 닫으면 다시 바로 섭니다. 돌아가기는 이전 탐색 위치를 복원합니다.
5. 구조 정보의 기술 정보를 펼쳐 치수·삼각형 수·출처 수준을 확인합니다. 표시 도구에서 표시·불투명도·단면을 조절합니다.
6. 해부 위치를 누르면 조립된 위치로 돌아옵니다.

배열은 정면 직교투영입니다. 전체 구조를 하나씩 이동하며, 한 구조 안의 표면을 조각내지 않습니다. 셀 경계·실제 표면 경계의 겹침, 좌우 쌍의 인접, 라벨 공간, 구조 크기 보존을 계산으로 확인했습니다. 단면은 내부 조직을 만들지 않습니다. 단면을 켜면 잘린 구조의 안쪽(절단면 너머로 보이는 뒷면)을 조금 어두운 기본색의 단색으로 그려 속이 찬 단면처럼 보이게 합니다. 닫힌 메시가 아니어도 되며(265개 중 150개만 닫혀 있고 아래턱뼈·위턱뼈는 열려 있음) 형상을 추가하지 않습니다. 현재 시점 · 비스듬한 면은 선택하거나 맞춤을 누른 순간의 시선 방향과 수직으로 자릅니다. 그 뒤 화면을 돌려도 면은 모델에 고정되고, 슬라이더는 그 방향을 따라 면을 옮기며, 링크 복사에 방향이 저장됩니다(section=view,50,keep,x,y,z). 선택한 치아 · 장축은 마지막으로 고른 치아를 장축을 따라 볼쪽에서 혀쪽으로 자릅니다. 장축은 치아 표면의 주축(면적 가중)으로 치관에서 치근단 쪽을 향하고, 면은 이웃 치아로 정한 근심원심 방향과 수직입니다. 슬라이더는 단면을 근심면에서 원심면으로 옮깁니다(그 치아를 선택한 상태에서 section=tooth,50).

표시 도구의 이름표는 현재 화면에서 가장 잘 보이는 구조에 이름을 붙입니다. 표시된 모든 메시를 구조마다 다른 색으로 작은 화면 밖 이미지에 그려 실제로 보이는 영역을 찾으며, 흐리게 하거나 숨긴 구조는 빼고 단면도 반영합니다. 보이는 영역이 큰 구조부터 이름을 붙이고, 지시선은 그 영역에서 다른 구조로부터 가장 먼 픽셀을 가리킵니다. 넓은목근과 이마근은 얇은 판처럼 목과 이마를 덮으므로 조립된 화면에서 기본으로 근육 불투명도의 22%로 그립니다. 마우스와 클릭은 그 뒤의 구조에 닿으며, 링크에 superficial=1을 붙이면 그대로 보입니다. 검색은 예전 한자 용어, 영어 동의어·약어, Universal·FDI 치아 번호도 받으며 표시 이름은 표준 우리말 용어를 유지합니다. 번호 이름표 연습도 같은 방법을 쓰되 장면의 구조에만 번호를 붙입니다. 가는 신경 가지와 관도 남도록 크기 기준을 낮추고 화면 밖 이미지를 더 촘촘하게 그리며, 번호는 왼쪽 열 위에서 아래, 이어서 오른쪽 열 순서이고 한 번 붙으면 화면을 돌려도 바뀌지 않습니다.

분리는 두 단계로 진행됩니다. 60%까지는 모든 구조가 회전 없이 모델 중심에서 바깥쪽으로 곧게 이동해, 60%에서 구조 중심과 모델 중심 사이 거리의 3.2배에 이릅니다. 카메라는 보던 각도를 유지하므로, 조금만 분리하면 각 구조가 이웃과의 위치 관계를 유지한 채 틈이 벌어집니다. 60~99%에서는 각 구조가 벌어진 위치에서 유형별 보드의 자리로 부드럽게 이동하고, 시점은 보던 각도에서 정면으로 돌아갑니다. 100%에서는 이름표와 페이지가 있는 위의 유형별 보드로 바뀝니다. 표시 도구의 발표용 링크 복사는 현재 화면을 present=1과 함께 저장합니다. 이 링크로 열면 패널을 숨기고 3D 모델이 창 전체를 채우므로 슬라이드나 프로젝터에 쓸 수 있으며, Esc나 발표 모드 끝내기로 일반 화면으로 돌아옵니다.

인터넷으로 여는 별도 대학 참고 표본

기본 구강 모델은 오프라인으로 작동합니다. 대학 정밀 표본 보기는 다른 표본을 제공자의 공개 뷰어로 여는 선택 기능입니다. 이 참고 자료들은 기본 GLB에 포함하거나 같은 사람인 것처럼 합성하지 않았습니다.

조직학 설명

구조 정보의 조직학 항목은 선택한 구조 조직의 광학현미경 소견을 영어·한국어 짧은 요점으로 보여 줍니다. 치아의 법랑질·상아질·치수·백악질·치주인대, 잇몸, 혀와 맛봉오리, 물렁입천장, 인두, 후두덮개, 귀밑샘·턱밑샘·혀밑샘과 그 관, 목구멍편도와 림프절, 턱관절원반과 관절주머니; 뇌의 각 부위(일차운동·몸감각·시각겉질을 포함한 여섯 층 새겉질, 섬엽, 내후각겉질, 해마, 편도체, 줄무늬체, 창백핵, 시상, 시상하부, 솔방울샘, 맥락얼기, 뇌실막, 백색질, 소뇌, 중간뇌, 다리뇌, 숨뇌), 뇌하수체·갑상샘·콩팥위샘, 가슴샘, 지라, 척수; 장기인 심장벽과 판막, 기관·기관지·허파, 가슴막, 코점막과 코곁굴, 식도, 위, 작은창자·큰창자, 막창자꼬리, 간, 쓸개, 쓸개관과 이자관, 이자, 복막주름, 콩팥, 요관, 방광, 요도, 고환, 부고환, 정관, 정낭, 전립샘, 발기조직, 난소, 자궁관, 자궁, 자궁목, 질, 그리고 각막, 공막, 홍채, 수정체, 망막, 유리체, 안구의 방, 눈꺼풀판, 눈물샘과 눈물길, 고막, 귀관; 그리고 일반 조직인 뼈와 턱뼈, 유리·탄력·섬유연골, 척추사이원반, 관절주머니, 윤활주머니와 힘줄집, 힘줄과 인대, 근막, 골격근과 얼굴근육, 탄력·근육동맥, 정맥과 경막정맥굴, 말초신경, 신경절, 시각신경과 후각신경을 다룹니다. 설명은 구조 이름과 유형으로 고릅니다(src/histology.js). 머리·구강 페이지와 두 몸 페이지의 모든 구조에 설명이 있습니다(설명 109개). 여성 페이지의 복막 "인대"는 복막주름 설명을, 자궁원인대와 난소인대는 섬유근육성 지지인대 설명을, 간원인대와 정맥관인대는 태아 혈관 흔적 설명을 보여 줍니다. 설명은 이 아틀라스를 위해 정리한 일반 조직학 교과 내용이며, 표본 사진이나 3D 모델에서 측정한 내용이 아닙니다. 주요 설명에는 이 아틀라스를 위해 SVG로 직접 그린(src/histology-diagrams.js), 화면 언어로 이름표가 붙는 모식도 12개가 함께 나옵니다. 치아와 치주조직(잇몸·턱뼈에도), 새겉질의 여섯 층(겉질, 운동·몸감각·시각겉질, 섬엽), 소뇌겉질, 허파꽈리 벽과 혈액–공기 장벽, 콩팥단위와 집합관, 전형적인 간소엽, 작은창자 융모와 장샘, 뼈단위, 골격근섬유와 근육원섬유마디, 근육동맥과 정맥, 말초신경, 망막의 층이며, 단순화했고 실제 비율과 다릅니다. 위키미디어 공용의 광학현미경 사진 30장이 설명 36개에 함께 나옵니다. 치아(연마표본), 치밀뼈, 시각겉질, 소뇌, 허파, 기관, 간, 작은창자·큰창자, 식도, 위, 이자, 쓸개, 심장근육과 골격근, 말초신경, 동맥과 정맥, 콩팥세관, 유리·탄력연골, 림프절(돼지), 갑상샘(말), 귀밑샘, 혀, 고환, 부고환, 전립샘, 난소, 자궁내막, 솔방울샘입니다. 각 사진은 고유 라이선스(CC0, 퍼블릭 도메인, CC BY, CC BY-SA)를 따르며, 탐색기는 사진 아래에 저작자·라이선스·출처를 표시하고 라이선스 파일에 모든 사진을 적었습니다. 가장 긴 변 720 px 이하의 JPEG로 다시 저장했고(public/histology/), 오프라인 패키지에 포함되며, 사진이 있는 설명을 열 때만 내려받습니다.

남성·여성 몸 페이지

웹사이트의 두 페이지가 같은 뷰어로 몸을 보여 줍니다. 남성 페이지는 머리 꼭대기에서 발가락까지 몸 전체를(뇌는 BodyParts3D, 속귀 제외), 여성 페이지는 머리 꼭대기에서 발까지 몸 전체를 보여 주며, 여성의 팔은 뼈로만 표시합니다. 각 페이지는 고유의 GLB와 메타데이터(pelvis-male.glb, pelvis-female.glb와 pelvis-male-structures.json, pelvis-female-structures.json)를 쓰며, 머리·구강 모델은 바뀌지 않았습니다. 웹사이트에서는 이 GLB를 정점·삼각형 변경 없이 나눈 네 부분을 뼈·관절, 장기, 근육·근막, 혈관·신경 순으로 차례로 받아, 이미 받은 부분부터 화면에 그리면서 나머지를 받습니다. 모든 부분이 들어오면 화면을 돌릴 수 있고, GLB 다운로드는 전체 파일을 줍니다. 구조 이름과 설명은 아직 영어로만 작성했습니다.

남성 몸 전체 — Z-Anatomy

머리 아틀라스와 같은 Z-Anatomy Startup.blend(Blender 3.5, CC BY-SA 4.0, SHA-256 9f08a17e…afcd)에서 같은 고정 축 변환으로 직접 읽었습니다. 범위 상자(x ±340 mm, y 0–1,720 mm, z −140~145 mm) 안의, 뇌와 속귀를 뺀 몸 전체 구조 2,486개이며(뇌는 아래의 BodyParts3D) 잘린 구조는 없습니다. 원본 메시 1,549개와 Bézier 곡선 937개입니다. 머리 — 이마뼈·마루뼈·뒤통수뼈·관자뼈·나비뼈·벌집뼈, 위턱뼈·입천장뼈·광대뼈·코뼈·눈물뼈·아래코선반뼈·보습뼈와 아래턱뼈, 귓속뼈, 벌집뼈 벌집·이마굴·나비굴, 코연골·코점막과 코인두, 치아 28개, 턱관절과 나비아래턱인대·붓아래턱인대, 얼굴·머리덮개 근육, 깨물근·관자근·날개근, 턱끝혀근·목뿔혀근, 눈확근육 여섯 개와 위눈꺼풀올림근·온힘줄고리·도르래, 눈꺼풀판, 관자근막·깨물근근막, 뇌하수체, 눈(공막·각막·앞·뒤분절과 앞방·홍채·수정체·유리체·망막)과 눈알걸이인대, 눈물샘·눈물소관·눈물주머니·코눈물관, 고막·귀관, 혀·잇몸·물렁입천장·목젖과 귀밑샘·덧귀밑샘·혀밑샘, 귀밑샘관·턱밑샘관, 후각·시각·눈돌림·도르래·삼차(뿌리와 치아·혀·턱끝까지의 눈·위턱·아래턱신경 가지)·갓돌림·얼굴(고실끈신경 포함)·속귀신경, 대뇌동맥고리의 대뇌동맥과 겉질·선조체 가지, 소뇌·다리뇌 동맥이 있는 뇌바닥동맥, 눈·위턱·관자·뒤통수·입술·코 동맥, 경막정맥굴·해면정맥굴·뇌바닥정맥얼기, 눈정맥과 얼굴·머리덮개 정맥, 얼굴·귀밑샘·귓바퀴·꼭지·뒤통수 림프절과 목구멍편도; 목 — 목뿔뼈, 원반을 포함한 목뼈 C1–C7과 목덜미인대, 후두(방패·반지·모뿔·잔뿔연골, 후두덮개, 방패목뿔막·반지방패막·네모막과 후두 근육), 인두수축근·붓인두근·입천장인두근과 입인두·후두인두, 갑상샘·턱밑샘, 넓은목근·목빗근·목뿔위근·목뿔아래근·목갈비근·척추앞근·뒤통수밑근, 등세모근 윗부분·어깨올림근과 목의 깊은 등근육, 목근막 얕은층, 온목동맥·속목동맥·바깥목동맥·얼굴동맥·척추동맥·가로목동맥, 속목정맥·바깥목정맥·얼굴정맥·턱뒤정맥·척추정맥, 혀인두신경·미주신경·더부신경·혀밑신경, 턱끝밑·턱밑·목정맥두힘살·깊은목·얕은목·인두뒤 림프절; 가슴 — 갈비뼈와 갈비연골, 복장뼈, 등뼈, 갈비뼈와 척추의 관절·인대, 갈비사이근과 가로막, 방실·판막·유두근을 갖춘 심장, 엽으로 나뉜 폐, 가슴막·기관과 구역기관지까지의 기관지, 대혈관·심장·폐 혈관, 가슴샘·식도·미주신경·교감신경줄기·세로칸 림프절; 어깨띠와 양쪽 상지 — 빗장뼈·어깨뼈·위팔뼈·노뼈·자뼈와 손목뼈 여덟 개·손허리뼈·손가락뼈, 어깨·팔꿉·노자·손목·손 관절의 관절주머니·인대·윤활주머니·힘줄집, 가슴·어깨·위쪽 등·위팔·아래팔·손 근육, 근막·근육사이막·지지띠, 손바닥활과 손가락 혈관까지의 겨드랑·위팔·노·자 혈관, 노쪽피부정맥·자쪽피부정맥·팔오금중간정맥, 손가락까지의 겨드랑·노·근육피부·정중·자신경을 포함한 팔신경얼기, 겨드랑·팔오금 림프절; 배 — 위·샘창자·간·쓸개와 온쓸개관·이자·지라·부신·요관, 그물막과 잘록창자, 배벽과 등, 배대동맥·아래대정맥·복강·창자간막·콩팥·문맥 혈관과 림프절; 그리고 골반과 양쪽 하지 — 골반 장기·뼈·관절·근육·혈관·신경·림프절, 넙다리뼈·무릎뼈·정강뼈·종아리뼈·발뼈, 무릎·발목·발 관절의 인대·반달·윤활주머니·힘줄집, 넙다리·종아리·발 근육, 근막·근육사이막·지지띠, 넙다리·오금·정강·종아리·발바닥 혈관과 신경입니다. 메시는 원래 정점과 삼각형을 유지하고 닫힌 표면은 바깥쪽으로 방향을 맞췄습니다. 상자가 몸 전체를 담으므로 잘린 메시는 없습니다. 혈관·신경·관·기관지와 작은창자는 머리 아틀라스와 같은 방식(베벨 깊이 × 점 반지름, 둘레 20, 구간당 18 표본)의 관이며, 관의 경로와 반지름이 표본 곡선에서 0.05 mm 안에 머무는 데 필요한 표본만 남겼습니다(경로를 바꾸지 않고 관 정점의 대부분을 줄임). 잘린 관도 없습니다. 원본의 생식기·비뇨기·소화기·심장·폐·림프절·윤활주머니·반달·지방체 메시는 다각형이 적어, 뷰어가 원래 정점을 지나는 PN 삼각형 곡면으로 매끈하게 그립니다(표시 전용). 정점 3,220,243개, 삼각형 5,945,227개, gzip 54.4 MB입니다.

머리는 몸의 나머지와 같은 파일·좌표계에서 함께 읽었으므로, 목의 혈관과 신경이 이제 머리뼈 안까지 이어집니다. 머리 구조는 눈·귀(귓속뼈와 눈꺼풀판 포함), 치아, 머리·얼굴 근육의 세 유형과 머리·얼굴 프리셋을 이루며, 코·코곁굴·코인두는 폐·기도에, 혀·잇몸·입천장·침샘은 소화기관에, 뇌하수체는 내분비샘에 들어갑니다. Z-Anatomy의 뇌와 속귀는 라이선스 때문에 제외했습니다. Z-Anatomy 모델 고지는 출처로 “Brainder”·“White matter” 뇌 모델을 라이선스 없이 적고 어느 뇌 객체가 그 모델에서 왔는지 표시하지 않으므로, 대뇌겉질·백색질·바닥핵·사이뇌·뇌줄기·소뇌·뇌실·뇌신경핵·대뇌낫·소뇌천막·솔방울샘 등 뇌 객체는 하나도 쓰지 않았습니다(구강 페이지에도 없음). 표시되는 뇌는 BodyParts3D에서 왔습니다(아래). 달팽이·안뜰과 그 옆의 신경 메시 하나는 “Anatomy of the Inner Ear”(던디 대학교, CC BY-NC-SA 4.0)에서 왔으므로 콩팥처럼 제외했습니다. Z-Anatomy 곡선인 대뇌동맥고리의 대뇌동맥, 경막정맥굴, 뇌신경은 표시합니다. Z-Anatomy가 가져온 던디 대학교의 뇌신경·구멍 자료는 CC BY 4.0이며 라이선스 파일에 출처를 밝혔습니다. 머리덮개널힘줄, 이마근·뒤통수근·관자마루근, 관자근막·깨물근근막은 다른 막과 함께 처음에 흐리게 표시합니다. 머리에서 원본에는 사랑니, 별도의 혀속근육·입천장근육, 반고리관이 없습니다. 면이 두 개 이하인 섬모체띠는 제외했고, 이름 없는 코사이막 동맥 곡선 두 개, 눈알의 그리기 보조선(적도·자오선·섬모체·섬모체띠 곡선), 도식적인 중심관 곡선과 숨뇌 경로 곡선도 제외했습니다. 원본이 좌우에서 “M3 segment”, “M3-segment”로 다르게 쓴 중간대뇌동맥 구간은 M1·M2·M3로 부르고, 원본에서 서로의 좌우 표기를 단 가쪽턱관절인대 두 개는 위치에 따라 이름을 붙였습니다. 치아와 턱은 원본 표면이며, 정합한 고해상도 치아와 치의학 학습은 머리·구강 페이지에 있습니다. 원본에는 목신경얼기·목신경고리·되돌이후두신경·위후두신경과 위갑상동맥·혀동맥이 별도 객체로 없고, 갑상샘은 오른엽만 있는 다각형이 적은 표면입니다. 부갑상샘은 정점 아홉 개짜리 평면 자리표시(두께 0.15–0.25 mm)라 제외했습니다. 원본의 등세모근 “ascending part”는 뒤통수와 목덜미인대에서 시작하는 윗부분이므로 위치에 따라 내림부분으로 표시합니다(원본이 descending이라 부르는 아래 부분은 오름부분). 부신과 갑상샘은 내분비샘 유형으로 묶었습니다. 넓은목근과 목근막 얕은층은 다른 근막과 함께 처음에 흐리게 표시합니다.

뇌 — BodyParts3D 4.0

뇌는 Z-Anatomy(위 참조)가 아니라 BodyParts3D 4.0(isa_BP3D_4.0_obj_99, DBCLS, CC BY 4.0)에서 가져왔으며 요소마다 원본 표면 하나입니다. 구조 74개: 위·중간·아래이마이랑, 눈확이랑, 중심앞·중심뒤이랑, 모서리위이랑, 모이랑, 위관자이랑 앞·뒤부분, 중간·아래관자이랑, 방추이랑, 해마곁이랑, 띠이랑, 섬엽과 뒤통수엽, 대뇌 백색질, 뇌들보, 뇌활과 뇌활맞교차, 해마와 편도체, 꼬리핵·조가비핵·창백핵, 시상과 시상섬유줄, 시상하부와 솔방울샘(내분비샘 유형), 가쪽·셋째·넷째뇌실, 중간뇌수도관과 맥락얼기, 중간뇌와 대뇌다리, 다리뇌, 숨뇌, 소뇌(정중 구조는 BodyParts3D처럼 좌우 반쪽)입니다. 정점과 삼각형은 바꾸지 않았고 닫힌 표면은 바깥을 향하게 했습니다. BodyParts3D는 좌표계가 다른 별개의 몸이므로, BodyParts3D의 이마뼈·마루뼈·뒤통수뼈·관자뼈·나비뼈를 이 페이지의 Z-Anatomy 뼈에 ICP로 맞춘 닮음 변환 하나(균일 배율 0.974, 회전 0.06°)로 뇌를 옮겼습니다(표면 거리 중앙값 0.09–0.22 mm, 전체 0.13 mm). 모든 뇌 표면에 같은 변환을 쓰므로 뇌는 제 모양과 원래 머리뼈에 대한 위치를 유지합니다. 배치 후 검사: 어느 뇌 표면도 머리뼈 안에 들어간 부분이 5.3% 이하이고 깊이 5 mm 이하입니다(두 몸이 다른 이랑 꼭대기와 머리뼈 속판, 다리뇌와 비탈). 뇌바닥동맥은 다리뇌 위에 놓이고(0–0.1 mm), 뇌하수체는 시상하부에 닿으며, 중간대뇌동맥은 섬엽 위를 지납니다. 소뇌천막은 곧은정맥굴 쪽 모서리가 이 페이지의 Z-Anatomy 곧은정맥굴에서 11.7 mm 떨어져 제외했습니다. 표시하지 않는 것: 소뇌 소엽과 벌레, 뇌줄기·뇌신경 핵, 대뇌낫. 고랑은 이랑 사이의 틈이며 별도 객체가 아닙니다. 뇌는 고유 유형과 프리셋(동맥·정맥·신경과 함께)을 가지며, 장기와 함께 받고 아틀라스 색으로 그립니다. 뇌, HRA 척수와 아래의 모식 구조 세 개를 더한 페이지는 구조 2,593개(메시 1,654개, 관 939개), 정점 3,478,170개, 삼각형 6,414,881개, gzip 58.8 MB입니다.

상지에서 Z-Anatomy는 손가락을 번호로 부릅니다(first finger of hand~fifth finger of hand). 기록 이름은 이를 유지하고 표시 이름은 엄지, 집게손가락, 가운뎃손가락, 반지손가락, 새끼손가락으로 붙였습니다. 팔신경얼기의 가쪽·안쪽다발은 원본에 별도 객체가 없어 근육피부신경·정중신경·자신경의 시작 부분으로 그려져 있습니다(뒤다발만 별도 곡선). 제외한 구조: 면이 두 개뿐인 손목의 노손배알머리인대·세모알머리인대·자세모인대(원뿔인대, 복장빗장·봉우리빗장 관절원반과 같음), 면이 없는 결절사이힘줄집과 노쪽손목굽힘근·긴엄지굽힘근·긴엄지폄근·새끼폄근의 힘줄집. 손목·손의 작은 인대는 정점 8–33개의 단순한 표면이고 어깨·팔꿉의 윤활주머니는 원본에서 정점 178개의 단순한 표면이며, 윤활주머니는 다른 윤활주머니와 같은 곡면으로 매끈하게 표시합니다. 어깨세모근막·위팔근막·아래팔근막·손등근막은 다른 근막과 함께 처음에 흐리게 표시합니다.

가슴과 배에서 원본은 등세모근의 부분을 반대로 부릅니다(등뼈 가시돌기에서 시작하는 아래 부분을 "descending"이라 함). 위치에 따라 이름을 붙여 아래 부분을 오름부분, 윗부분을 내림부분으로 표시합니다. 왼쪽 목엉덩갈비근은 원본에 좌우 표기가 없습니다. 원본은 정중선 왼쪽의 위(stomach)까지 이어지는 식도신경얼기와 미주신경줄기를 오른쪽 미주신경에 포함해 그리며, 왼쪽 미주신경은 대동맥활에서 끝납니다. 간은 원본의 간 전체 표면과 복막인대로 표시하며, 그 표면과 1–3 mm 어긋나 겹치는 원본의 Couinaud 구역 여덟 개는 이중으로 보이므로 표시하지 않습니다. 콩팥, 콩팥깔때기, 콩팥 속 동맥·정맥은 제외했습니다. Z-Anatomy의 라이선스 고지는 콩팥을 Lissie Cowley의 Kidney(CC BY-NC 4.0)에서 가져와 고쳤다고 밝히며, 그 비영리 조건은 이 페이지의 CC BY-SA 4.0으로 제공할 수 없으므로 어느 부분도 쓰지 않았고 콩팥동맥·정맥은 콩팥문에서 끝납니다(머리 아틀라스도 같은 이유로 이 콩팥을 제외합니다). 대신 공개 라이선스 콩팥 두 가지를 시험했습니다. BodyParts3D 4.0 콩팥은 BodyParts3D T11–L3와 11·12번째 갈비뼈를 페이지에 닮음 정합한 뒤(척추뼈 1.0–1.8 mm) 왼쪽 콩팥 혈관에서 15–20 mm 떨어지고 오른쪽 큰허리근과 샘창자를 최대 12 mm 파고들며, 혈관에 맞추어 옮기면 부신과 겹칩니다. HRA Visible Human 남성 콩팥(v1.3)은 T11–L2 정합 뒤 부신(표면의 10–19%)과 샘창자와 겹칩니다. 둘 다 허리네모근 앞으로 18–22 mm 떠 있어 표시하지 않습니다. 원본에 없는 구조: 심장막과 가로막신경(아래의 모식 구조로 그림), 내장신경, 가슴관. 척수는 신경로를 보여 주는 5 mm 두께의 도식적 단면만 있어 표시하지 않습니다. 대신 표시하는 척수는 HRA Visible Human 남성 척수(spinal-cord-male v1.1, CC BY 4.0, C1–S5의 30개 분절, 원래 삼각형)입니다. HRA 척추뼈(VH_M_Vertebrae v1.2, 같은 좌표계)를 이웃 척추뼈와 함께 페이지의 같은 이름 척추뼈에 닮음 정합하고(평균 표면 거리 1.2–2.3 mm), 척수의 각 정점을 그 높이를 사이에 둔 두 척추뼈의 변환을 섞어 옮긴 뒤, 높이마다 페이지 경막주머니의 가운데에 놓았습니다(이동 중앙값 5.0 mm, 최대 8.1 mm). 척수는 C1에서 L1–L2의 척수원뿔까지 이어지고 말총 위끝에서 1.6 mm이며 척추뼈에 닿지 않습니다(0.9 mm). Z-Anatomy 경막주머니가 목팽대와 위쪽 등뼈 높이에서 척수보다 좁아, 그곳에서는 척수가 경막을 최대 4.0 mm 벗어납니다. 제외한 구조: 쓸 수 있는 면이 없는 원뿔인대·등뼈의 가로돌기사이인대·복장빗장관절과 봉우리빗장관절의 관절원반. 근막, 가슴벽과 배벽(큰가슴근, 갈비사이근과 갈비사이막, 가슴가로근), 가슴막, 큰그물막은 기존 층과 함께 장기가 보이도록 처음에 흐리게 표시합니다.

모식 구조(원본 모델이 아님). Z-Anatomy와 BodyParts3D 모두에 심장막과 가로막신경이 없어 이 아틀라스에서 직접 그렸으며, 이 페이지에서 원본 모델에서 오지 않은 유일한 구조입니다. 심장막은 심장 방실과 오름대동맥·폐동맥줄기·대정맥·폐정맥 뿌리에서 약 3 mm 바깥에 있는 닫힌 주머니로, 그 사이 틈을 메우고 가쪽심장막림프절 둘레는 안쪽으로 눌렀습니다(1 mm 복셀 오프셋, 닫기, 가우스 평활, 마칭 큐브, 이차 오차 단순화로 삼각형 25,920개). 가슴막과 함께 처음에 흐리게 표시합니다. 가로막신경은 반지름 1.1 mm의 관으로, 경유점을 지나는 평활 스플라인을 따릅니다. 앞목갈비근 앞면(위에서는 가쪽 모서리, 아래에서는 안쪽 모서리), 빗장밑정맥 뒤·빗장밑동맥 앞, 속가슴동맥 시작부 가쪽을 지나, 오른쪽은 팔머리정맥과 위대정맥 옆, 왼쪽은 대동맥활 왼쪽 면을 거쳐, 모식 심장막의 가쪽 면을 따라 폐뿌리 앞을 내려가 오른쪽은 대정맥구멍 옆, 왼쪽은 심장끝 옆에서 가로막으로 들어갑니다. 선택 정보와 마우스오버 이름에 모식 구조로 표시되고 메타데이터에 "schematic": true로 표시되며, 모양과 경로는 실측이 아닌 설명용입니다.

이름은 원본을 따르되 좌우 표기를 규칙에 맞췄습니다(Left/Right testicular artery, vein → Testicular artery.l 등). 창자 표면 네 개는 위치와 모양으로 이름을 붙였습니다. 원본의 Sigmoid colon은 S3 높이의 구불창자 끝에서 골반바닥까지 이어져 바깥항문조임근 높이에서 끝나므로 곧창자로 표시합니다(모양과 크기도 BodyParts3D의 곧창자와 같습니다). Descending colon은 구불창자 고리를, Ascending colon은 막창자(오른엉덩오목의 막힌 끝)를 포함하며, 곡선 Jejunum은 왼쪽 위 배에서 돌막창자 이음부까지 이어지므로 빈창자·돌창자로 표시합니다. Z-Anatomy는 발가락을 "fingers of foot"라고 부르므로, 기록 이름은 원본 이름을 유지하고 표시 이름은 엄지발가락, 둘째~넷째발가락, 새끼발가락으로 붙였습니다. 원본에서 뺀 구조: 둘레띠(면 없이 모서리만 있음), 뿔사이인대(평면 두 개), 세갈래연골(성인에서는 붙어 없어지는 성장 연골), 정점 네 개짜리 평면 자리표시인 앞·뒤목말종아리인대·발꿈치종아리인대·등쪽발꿈치입방인대·발바닥발꿈치발배인대, 면이 없거나 너무 적은 뒤정강목말인대·가쪽목말발꿈치인대·쐐기사이인대와 긴엄지폄근 힘줄집. 그 밖의 무릎·발목·발의 작은 인대도 다수가 원본에서 다각형이 적은 단순한 표면입니다(일부는 정점 6–12개짜리 상자). 근막(종아리근막·오금근막 포함), 납작한 배벽 근육, 작은창자는 아래 구조가 보이도록 처음에 흐리게(불투명도 8%) 표시하며, 가리킴과 클릭은 그 뒤의 구조에 닿습니다.

원본에 없는 구조: 항문관, 회음근(망울해면체근·궁둥해면체근·회음가로근·바깥요도조임근), 회음막, 음낭과 정삭의 막, 무릎인대와 넙다리네갈래근힘줄(원본에는 이름표용 보조 객체로만 있음). 다른 원본 두 가지를 검토했지만 쓰지 않았습니다. BodyParts3D 4.0은 새로 더할 것이 없었습니다. 그 곧창자와 두덩곧창자근은 Z-Anatomy에 이미 있는 표면("sigmoid colon", pubo-analis)과 같고, "superficial perineal muscle"은 바깥항문조임근을 좌우로 뒤집은 복사본입니다. Visible Human 남성의 VOXEL-MAN 분할 장기(CC BY 4.0)에는 음낭과 궁둥해면체근이 있습니다. 볼기뼈·엉치뼈·꼬리뼈로 닮음 정합한 뒤(평균 표면 거리 3–4 mm) Visible Human의 고환은 Z-Anatomy 고환에서 41–49 mm 떨어져 있었고, 궁둥두덩가지와 음경다리로 국소 정합한 뒤에도 궁둥해면체근의 41%가 Z-Anatomy의 뼈와 발기 조직 안에 들어가 정합 검사를 통과하지 못했습니다.

여성 골반 — HRA 3D 참조 장기

HuBMAP 인체 참조 아틀라스의 공식 CCF 3D 참조 객체 라이브러리(CC BY 4.0; github.com/hubmapconsortium/ccf-3d-reference-object-library, 커밋 f1a3a63)에서 Visible Human 여성 v1.2 장기 파일(골반, 척추뼈, 자궁, 질, 난소, 자궁관, 자궁·난소 인대, 방광, 요관, 큰창자, 작은창자)과 v1.4 혈관을 가져왔습니다. 모두 같은 좌표계(+X 인체 왼쪽, +Z 앞쪽, 전신 좌표계보다 y로 0.795 m 아래)라서 정합이 필요 없었습니다. 이름 붙은 부분 109개는 원래 정점·삼각형·법선을 유지하며(아래에서 근육 밖으로 옮긴 몇 개 제외), 아래의 가슴·위쪽 배가 더해져, 예전 범위 위쪽에서 잘리던 잘록창자·빈창자·대동맥·아래대정맥·창자간막 혈관은 이제 온전합니다. 볼기뼈는 좌우 엉덩뼈·궁둥뼈·두덩뼈의 치밀뼈와 해면뼈로 나뉘어 있으며, 해면뼈는 안쪽에 있어 단면에서 보입니다. 작은창자와 오름·내림잘록창자는 자궁과 난소가 보이도록 처음에 흐리게(불투명도 15%) 표시합니다.

이름은 HRA 노드 식별자에서 가져오고 좌우는 위치로 정했습니다. 세 가지를 바로잡았습니다. 두 자궁원인대는 원본에서 좌우가 반대로 붙어 있어(원본의 "right"가 인체 왼쪽에 있음) 위치대로 이름을 붙였습니다. 원본이 자궁관 복강구멍이라 부르는 부분은 자궁뿔에 있으므로 자궁관의 자궁구멍으로 이름 붙였습니다. 원본이 "superior rectal artery"로 표시한 정맥(노드 VH_F_superior_rectal_vein, 정맥 재질)은 정맥으로 이름 붙였습니다. 원본 모델에는 허리뼈가 여섯 개 있어 가장 아래 것을 L6으로, 그 위를 L5·L4로 표시합니다. 구불창자동맥·정맥 세 개는 원본의 a–c 표기를 따릅니다. HRA 원본에 없는 구조: 외부 생식기, 요도, 항문관, 골반바닥·회음·배벽 근육, 골반 신경, 림프절, 엉덩동맥 등 벽쪽 동맥. HRA v1.4 혈관에는 하지 혈관이 없습니다. 근육과 하지뼈는 아래의 덴버 대학교 모델에서 가져왔습니다.

여성 가슴·위쪽 배 — HRA 3D 참조 장기

같은 라이브러리와 좌표계의 v1.2 심장·폐·간·쓸개·담관·이자·지라·콩팥·가슴샘·척추뼈·척수·큰창자·작은창자 파일과 v1.4 혈관에서 가져왔습니다(228개). 방실·사이막·유두근 다섯 개·판막 네 개로 나뉜 심장; 폐구역 스무 개와 폐문, 기관·기관용골·주기관지·엽기관지·구역기관지와 기관·기관지 연골; 가슴샘; 피막으로 표시한 간과 낫인대·관상인대·왼세모인대·간원인대·정맥관인대·간샘창자인대; 쓸개, 간관·쓸개관·온쓸개관, 간이자팽대와 그 조임근, 주이자관과 덧이자관(원본의 배쪽·등쪽 이자관); 이자(머리·목·몸통·꼬리·갈고리돌기); 샘창자 다섯 부분, 가로잘록창자와 두 잘록창자굽이; 다섯 표면으로 나뉜 지라; 섬유피막·겉질·콩팥기둥·피라미드·콩팥문으로 나뉜 콩팥; 일곱째목뼈, 등뼈 열두 개, 이 표본의 허리뼈 여섯 개 중 위쪽 세 개; 여덟째목분절~넷째엉치분절의 척수; 오름대동맥·대동맥활과 그 가지(각각 원본의 두 조각을 하나로 합침), 가슴대동맥·대정맥·폐동맥줄기·폐동맥·폐정맥·심장동맥·심장정맥과 복강·간·문맥·지라·잘록창자·콩팥 혈관입니다. 원본의 간 구역과 표면 부위는 간 피막과 겹치고 폐문 세부 부위는 폐문 표면과 중복되어 표시하지 않으며, 후두 연골은 목과 함께 표시합니다(아래). 잘린 구조는 없습니다. HRA 원본에 없는 구조: 위·식도, 갈비뼈·복장뼈·어깨띠(아래의 BoneHub CT에서 가져옴), 가로막·심장막·가슴막, 가슴·배벽·등·어깨 근육, 척수 외의 신경, 림프절.

여성 엉덩관절·넙다리·종아리·발 — 덴버 대학교 모델

근육, 하지뼈, 관절 연골과 무릎 인대는 덴버 대학교 정형외과 생체역학 센터의 Visible Human 여성 최종 3D 모델(CC BY 4.0; doi:10.56902/COB.vh.2022.1; Andreassen 외, Sci Data 10, 34, 2023)에서 가져왔습니다. HRA 장기와 같은 몸에서 분할했고, 제작자가 구조 사이의 겹침을 이미 검사한 모델입니다. 한쪽에 62개씩 124개 부분으로 속폐쇄근·궁둥구멍근(골반 근육), 엉덩근·큰허리근·볼기근·쌍둥이근·넙다리네모근·바깥폐쇄근·두덩근·모음근·두덩정강근·넙다리빗근·넙다리곧은근·넓은근·넙다리근막긴장근·반힘줄근·반막근·넙다리두갈래근 두 갈래(볼기·넙다리 근육), 앞정강근·긴발가락폄근·긴엄지폄근·긴종아리근·장딴지근 두 갈래·가자미근·장딴지빗근·오금근·뒤정강근·긴발가락굽힘근·긴엄지굽힘근(종아리 근육), 넙다리뼈·무릎뼈·정강뼈·종아리뼈·발목뼈 일곱 개와 발허리뼈·발가락뼈 한 표면(DU의 Phalanges 파일에 발허리뼈도 들어 있음), 넙다리뼈머리·절구·넙다리뼈 아래끝·무릎뼈·정강뼈 관절융기·정강뼈 아래끝·목말뼈의 연골, 앞·뒤십자인대와 정강·종아리쪽곁인대입니다. DU 종아리 근육은 발목에서 끝나므로 발의 힘줄, 발꿈치힘줄, 장딴지빗근 힘줄은 원본에 없으며 설명에 그렇게 적었습니다. 짧은·셋째종아리근과 발의 근육·인대도 원본에 없습니다. DU의 발은 원래 표본처럼 발바닥 쪽으로 굽어 있습니다. DU 볼기뼈·엉치뼈·꼬리뼈와 HRA 치밀뼈 볼기뼈·엉치뼈·꼬리뼈 사이의 닮음 변환 하나로 HRA 좌표계에 놓았습니다. 배율은 1.041이고 평균 표면 거리는 좌우 볼기뼈 1.6 mm, 엉치뼈 1.9 mm, 꼬리뼈 3.1 mm이며, DU 볼기뼈·엉치뼈·꼬리뼈 자체는 표시하지 않고, HRA에 없는 DU 다리·발뼈는 표시합니다. 두 원본이 뼈를 따로 분할했기 때문에 얇은 근육과 절구 연골이 곳곳에서 HRA 뼈와 겹쳤고, 그 정점은 뼈 바깥 0.1 mm로 매끄럽게 옮겼습니다(최대 1.9 mm). DU 근육을 관통하던 HRA 부분 몇 개(큰허리근을 지나던 오른쪽 난소걸이인대, 음부관에서 속폐쇄근 표면을 따라가야 할 속음부정맥·아래곧창자정맥, 자궁목가로인대·온엉덩정맥·창자의 짧은 구간)도 같은 방식으로 근육 밖으로 옮겼습니다(최대 11 mm). 그 결과 엉덩관절은 겹침 없이 맞습니다(넙다리뼈머리와 절구 연골). DU 다리 근육·연골·무릎 인대는 함께 표시하는 DU 뼈와 같은 분할에서 나왔고 그 뼈 안으로 들어가지 않으므로(광선 교차 검사, 넙다리뼈머리 연골만 DU 넙다리뼈 안으로 최대 0.6 mm) 옮기지 않았습니다. 등뼈와 위쪽 허리뼈를 더한 뒤 보정을 다시 했습니다. 큰허리근 윗부분을 새 HRA 허리뼈 밖으로 옮겼고(최대 1.8 mm), 오른콩팥이 큰허리근을 지나던 곳은 근육 밖으로 옮겼습니다(최대 3.4 mm). 이제 범위(x ±195 mm, y −910~625 mm, z −190~60 mm) 안에 모든 구조가 온전히 들어 있습니다.

여성 무릎 — DU 무릎에 맞춘 HRA 무릎 부속

DU 모델에는 반달, 무릎인대, 넙다리네갈래근힘줄이 없습니다. 이들은 HRA VH_F v1.2 무릎 파일(VH_F_Knee_L/R, VH_F_Ligaments_Knee_L/R, VH_F_Muscles_Knee_L/R)에서 가져왔습니다. 안쪽·가쪽반달(원본에서는 무릎마다 메시 하나이며, 두 조각으로 나눠 위치에 따라 이름 붙임), 무릎인대, 넙다리네갈래근힘줄, 앞가쪽인대를 무릎마다 하나씩, 모두 10개입니다. HRA 무릎은 DU 다리보다 약 6 cm 더 벌어진 자세이므로, 무릎마다 HRA 넙다리뼈 아래끝·무릎뼈·정강뼈 위끝·종아리뼈와 이 페이지의 DU 뼈 사이의 닮음 변환으로 따로 맞췄습니다(왼쪽: 배율 0.981, 회전 8.0°, 평균 표면 거리 1.0–1.3 mm, 오른쪽: 배율 0.984, 회전 11.0°, 1.1–1.4 mm). DU 모델에 이미 있는 HRA 무릎뼈와 인대는 표시하지 않습니다. 맞춘 부분은 같은 방식으로 DU 뼈와 무릎 연골 밖으로 옮겼고(최대 3.4 mm), 반달이 넙다리·정강 연골 사이에 끼인 곳에는 최대 0.3 mm(평균 0.03 mm)의 겹침이 남아 있습니다. 여성 하지에서 두 원본 모두에 없는 구조: 혈관과 신경, 근막, 관절주머니와 윤활주머니, 발목과 발의 인대, 짧은·셋째종아리근, 발 근육, 발목 아래의 종아리 근육 힘줄.

여성 목·어깨·팔·손 — HRA와 BoneHub CT 뼈

목은 같은 HRA 파일과 좌표계에서 가져왔습니다. 첫째~여섯째목뼈(VH_F_Vertebrae), 첫째~일곱째목분절 척수(VH_F_Spinal_Cord), 후두의 방패연골·반지연골·모뿔연골·잔뿔연골·후두덮개연골(VH_F_Lung) 20개로, 원래 정점·삼각형·법선을 유지했습니다. 이 표본의 후두와 기관은 정중선에서 오른쪽으로 약 1 cm 치우쳐 있으며, 쌍을 이루는 연골은 후두 안의 위치와 맞는 원본의 좌우를 그대로 따릅니다. 범위는 이제 머리뼈 바닥까지입니다(x ±250 mm, y −910~725 mm, z −190~70 mm). 잘린 구조는 없습니다. HRA에는 여성 팔이 없고, 여성 상지의 근육·혈관·신경을 담은 공개 원본도 없어 팔은 뼈로만 표시합니다. 뼈는 BoneHub의 Visible Human Full-Skeleton 3D Bone Models(S. H. Alavi·M. Asseln, 트벤테 대학교; CC BY 4.0; doi:10.57967/hf/10464)에서 가져왔습니다. 같은 몸의 덴버 대학교 정렬 CT에서 분할한 71개로, 양쪽의 빗장뼈·어깨뼈·위팔뼈·노뼈·자뼈, 손목뼈 여덟 개, 손허리뼈 다섯 개, 손가락마다의 손가락뼈(원본에서 손가락마다 한 표면), 갈비뼈 열두 개와 복장뼈(세 부분이 한 표면)입니다. BoneHub 일곱째목뼈·등뼈를 이 페이지의 HRA 척추뼈에 맞춘 닮음 변환 하나로 놓았습니다(배율 0.997, 평균 표면 거리 0.8 mm; 맞추지 않은 첫째허리뼈~엉치뼈는 1.2–2.4 mm). CT 표면은 매우 촘촘해 뼈마다 표면에서 0.05 mm 이내로 단순화했습니다(meshoptimizer; 삼각형 1,916,120개 → 421,150개). 남긴 정점은 위치와 원래 표면의 법선을 그대로 유지합니다. BoneHub 문서에 적힌 대로 CT가 팔꿈치를 다 담지 못해 위팔뼈 아래끝과 노뼈·자뼈 위끝이 불완전하며(설명에 적음), 갈비연골은 분할되지 않아 갈비뼈가 복장뼈에 닿지 않습니다. 여성 목에서 어느 원본에도 없는 구조: 목뿔뼈, 갑상샘·부갑상샘, 인두·식도, 목 근육과 혈관(대동맥활 가지의 시작 부분만 있음), 목신경.

여성 머리·유방·척추사이원반 — BoneHub 머리뼈와 HRA 참조 장기 v2

더 새로운 HuBMAP 참조 장기(cdn.humanatlas.io/digital-objects/ref-organ, CC BY 4.0)는 위 파일들과 같은 좌표계를 쓰므로(후두·기관·척수가 페이지의 것과 일치) 정합 없이 넣었습니다. 입안(v1.0: 각각 한 표면인 위·아래 치아, 잇몸, 단단입천장, 물렁입천장 점막, 혀의 세 면, 버섯유두·성곽유두, 볼점막, 입안바닥, 입술주름띠, 귀밑샘·턱밑샘·혀밑샘), 양쪽 눈(v1.3: 각각 23부분 — 공막·각막·맥락막, 황반·중심오목·시각신경원반·톱니둘레를 포함한 망막, 홍채·동공, 섬모체·섬모체근·섬모체돌기, 섬모띠, 수정체, 방수, 유리체, 결막, 섬유주와 공막정맥굴), 둘째~셋째목뼈부터 여섯째허리뼈~엉치뼈 사이의 척추사이원반과 속질핵(v1.0, 잇는 두 척추뼈로 이름 붙임), 양쪽 젖샘(v1.1: 엽·젖샘관·젖샘관팽대·젖꼭지·젖꽃판·젖꽃판샘·유방걸이인대·지방), 큰그물막, 가로잘록창자의 복막주렁과 콩팥깔때기(v1.0), 목구멍편도(v1.2)입니다. 모두 0.05 mm 이내로 단순화했습니다(meshoptimizer, 뇌를 포함해 삼각형 4,548,099개 → 1,170,098개). 머리뼈는 BoneHub CT의 위턱뼈를 포함한 머리뼈(한 표면)와 아래턱뼈로, BoneHub 첫째~셋째목뼈를 페이지의 HRA 첫째~셋째목뼈에 닮음 정합해 놓았습니다(평균 표면 거리 0.6–0.8 mm). 이 정합으로 HRA 위 치아가 위턱뼈에 놓이고(중앙값 2.4 mm) 눈이 눈확에 들어갑니다. CT에서 아래턱뼈가 약간 벌어져 있어 HRA 아래 치아와 잇몸에 강체 정합으로 다물었으며(5.7°, 아래 치아와 아래턱뼈의 중앙 거리 11.4 → 3.0 mm), 관절돌기는 턱관절오목에서 0.2–0.4 mm 떨어져 있습니다. 뇌는 성인 여성 기증자의 Allen 인체 참조 아틀라스 뇌(brain-female v1.4)를 HRA가 이 몸에 배치한 것입니다. CT 머리뼈에 대보면 겉질의 9.5%가 속판 밖에 있어(최대 5.7 mm, 주로 뒤통수엽과 소뇌) 하나의 닮음 변환으로 머리안에 맞췄습니다(배율 0.919, 회전 0.4°, 이동 2.5 mm). 그 뒤 속판 밖에 있는 겉질 표본은 0.7%로, 대부분 뼈가 얇거나 열린 곳입니다. 모든 Allen 영역은 이름이 뜻하는 위치(엽, 또는 시상핵은 시상 안, 편도의 핵은 편도체 안, 창백핵은 조가비핵 곁처럼 상위 구조 안)와 대조했습니다. 276개 중 268개가 통과했고, 양쪽 모두 어긋난 이마극(반구 뒤쪽에 있음), 이마모서리이랑, 가쪽뇌실 뒤칸(앞쪽에 있음), 뒤배쪽 조가비핵(정중선 가까이 높은 곳)은 제외했으며, 정점 6–9개인 여섯 영역(후각망울, 앞후각핵, 중심관)도 표시하지 않습니다. 원본 파일은 Allen 반구의 좌우를 반대로 표기하므로 영역은 위치에 따라 이름을 붙였고, 둘로 나뉜 정중 구조(뇌들보, 앞맞교차, 뇌실, 중간뇌수도관, 소뇌벌레, 솔방울샘, 시상의 정중핵)는 왼쪽·오른쪽 절반으로 이름 붙였습니다. HRA 피부(v1.5)는 팔을 든 자세이고 다리가 CT·덴버 뼈보다 길어 표시하지 않습니다. 이 원본에서 입안뜰까지의 점막을 포함하는 아래 잇몸, 볼점막, 유방 지방, 큰그물막은 처음에 흐리게 표시합니다. 이로써 여성 페이지는 구조 970개가 되었습니다.

CT에서 분할한 여성 근육·장기·혈관 — TotalSegmentator

Visible Human 여성은 냉동·절단 전에 CT를 찍었고, 미국 국립의학도서관(NLM)이 이 영상을 공개합니다(일반 CT 검사 370: 머리 꼭대기에서 넙다리 위쪽까지 1 mm 간격 985장, 화소 0.49–0.94 mm). 이를 1 mm 격자로 다시 샘플링하고 TotalSegmentator 2.18(Wasserthal 외, 2023; 코드와 여기서 쓴 공개 작업은 Apache-2.0)을 CPU로 돌려 total, headneck_muscles, head_muscles, headneck_bones_vessels, oculomotor_muscles, abdominal_muscles 작업으로 분할했습니다. 몸통 근육 모델(대략 넷째 등뼈~넷째 허리뼈 범위)은 100 mm씩 겹치는 세 덩어리로 나눠 돌리고 겹친 구간의 가운데에서 이어, 덩어리 가장자리가 근육 모양을 정하지 않게 했습니다.

CT가 같은 사람의 것이므로 분할된 뼈를 페이지의 뼈에 맞출 수 있습니다. 부위별 닮음 변환으로 맞춘 평균 표면 거리는 머리(머리뼈·첫째~둘째목뼈) 1.3 mm, 목(셋째목뼈~첫째등뼈) 0.7 mm, 가슴(등뼈·갈비뼈·복장뼈) 1.0 mm, 허리뼈 1.4 mm, 골반 2.5 mm, 어깨 1.2–1.3 mm, 넙다리뼈 1.2–1.3 mm이며, 각 구조는 부위까지의 거리에 따라 이 변환들을 섞어 옮겼습니다. 모델이 이 사람의 허리뼈 여섯 개의 번호를 잘못 붙여 허리뼈는 한 묶음으로 맞췄습니다. 확인으로, 페이지에 이미 있는 장기를 CT에서 분할해 같은 방법으로 옮기면 페이지 표면과 3–6 mm 떨어집니다(지라 3.6 mm, 대동맥 3.9 mm, 아래대정맥 3.7–4.7 mm, 콩팥 4–6 mm, 간 3.9–6.5 mm, 심장 5–6 mm). CT 촬영과 냉동 사이에 장기가 조금 움직였기 때문입니다.

페이지 구조를 1 mm 복셀로 채우고, 옮긴 구조가 그 안으로 들어간 곳은 잘라 냈습니다(1 mm 이내 접촉은 허용). 부피의 4분의 1 이하만 겹치고 겹친 깊이가 8 mm 이하이며 좌우 쌍은 양쪽 모두 통과한 구조만 넣었고, 96개 중 74개가 통과했습니다: 식도·위·후두인두, 위턱굴·이마굴, 갑상샘과 양쪽 부신, 목뿔뼈와 여섯째~열째 갈비연골(위쪽 갈비연골은 이 CT에서 찾지 못함), 오른쪽 온목동맥·빗장밑동맥, 속목동맥, 팔머리정맥·속목정맥, 시각신경, 양쪽의 관자근·가쪽날개근·네 곧은근·아래빗근, 목빗근·넓은목근·목갈비근 셋·복장방패근·척추앞근육과 중간·아래인두수축근, 등세모근·어깨올림근·큰가슴근·앞톱니근·넓은등근, 배곧은근·배바깥빗근·배속빗근·허리네모근·척추세움근·가로돌기가시근. 코곁굴은 이 페이지의 머리뼈 표면이 감싸는 CT 머리뼈 안의 공기 공간이므로, 공기 공간은 머리뼈 자체를 겹침으로 세지 않고 절반 이상이 머리뼈 안에 있어야 하는 조건을 두었습니다(이마굴 100%, 위턱굴 86–90%). 제외: 깨물근·안쪽날개근(HRA 귀밑샘·볼점막과 겹침), 위빗근·위눈꺼풀올림근(눈·눈확), 방패목뿔근(후두), 바깥귀길(귀밑샘), 온·바깥엉덩동맥(HRA 엉덩정맥·덴버 큰허리근), 코안·코인두(HRA 물렁입천장·혀), 심장막(분할된 주머니의 바깥 2 mm로 시도했으나 HRA 심장 안에 놓임), 두힘살근·입인두(불완전), 위인두수축근(잘라 낸 뒤 남는 것이 없음). 배곧은근의 분할은 다섯째 허리뼈에서, 척추세움근·가로돌기가시근은 셋째 등뼈에서, 앞톱니근은 넷째 등뼈에서 끝나며 설명에 적었습니다.

표면은 살짝 부드럽게 한 마스크에서 마칭 큐브로 뽑아 부드럽게 다듬고(Taubin 30회) 0.2 mm 이내로 단순화했습니다(meshoptimizer, 삼각형 3,234,414개 → 169,028개). 몸통 근육 마스크는 먼저 몸의 세로축을 따라 부드럽게 해 덩어리 이음매에서 단면이 서서히 바뀌게 했고, 넓은등근·등세모근 판의 6 cm² 이하 구멍은 메웠습니다. 씹기·눈 근육, 목 근육, 어깨·가슴·등 근육, 몸통 근육과 내분비샘 유형으로 묶었고, 장기가 보이도록 목·가슴·등·배벽의 얕은 근육은 처음에 흐리게 표시합니다. 여성 페이지는 이제 구조 1,044개, 정점 3,026,346개, 삼각형 6,012,662개, gzip 54.9 MB입니다.

두 페이지 모두 주변 구조 목록은 머리 아틀라스와 같은 표본 추출로 계산했고, npm run check가 각 페이지의 메타데이터·좌우·유형·흐리게 표시하는 층·GLB 내용이 일치하는지 확인합니다. 일반적인 참조 해부 모델이며 환자 스캔이 아닙니다.

남아 있는 한계

사랑니, 입술·볼 점막과 소대, 혀속근육, 붓혀근, 입천장혀근, 위이틀신경·입천장신경, 혀동맥, 날개근정맥얼기, 위턱굴, 작은침샘, 그 밖의 모든 말초신경·미세혈관, 완전한 치아 내부층은 제공되지 않습니다. Z-Anatomy와 BodyParts3D 모두 이 구조의 쓸 수 있는 메시를 제공하지 않습니다. 일부는 선택 사항인 모식도 레이어로만 그립니다. 특정 사람의 입안을 모든 기관·미세 조직까지 동일하게 복제한 모델은 아닙니다.